Changeset 1705 in rotdif


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Aug 4, 2019, 3:26:06 PM (10 months ago)
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yuexi
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finish ellipsoid

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  • appconfig.json

    r1647 r1705  
    11{
     2   "hostip" : "129.114.17.103",
    23   "resourcedefault" : "local",
     4   "messaging" : {
     5      "wsport" : "30777",
     6      "wssport" : "80",
     7      "udphostip" : "127.0.0.1",
     8      "udpport" : 30779,
     9      "tcpport" : "30780",
     10      "zmqhostip" : "127.0.0.1",
     11      "zmqport" : "30778",
     12      "tcphostip" : "127.0.0.1",
     13      "tcprport" : "30781",
     14      "tcptimeout" : "30"
     15   },
    316   "lockdir" : "/src/genapp/etc",
     17   "submitpolicy" : "login",
     18   "hostname" : "rotdif.genapp.rocks",
    419   "resources" : {
    520      "local" : ""
    6    },
    7    "messaging" : {
    8       "udpport" : 30779,
    9       "tcphostip" : "127.0.0.1",
    10       "tcptimeout" : "30",
    11       "udphostip" : "127.0.0.1",
    12       "wsport" : "30777",
    13       "wssport" : "80",
    14       "zmqhostip" : "127.0.0.1",
    15       "zmqport" : "30778",
    16       "tcpport" : "30780",
    17       "tcprport" : "30781"
    18    },
    19    "hostip" : "129.114.16.180",
    20    "submitpolicy" : "login",
    21    "hostname" : "rotdif.genapp.rocks"
     21   }
    2222}
  • bin/elmdock_split.py

    r1528 r1705  
    66
    77def split_data(dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag):
    8     with open('elmdock_log.out') as in_f:
     8    with open('elmdock_results.out') as in_f:
    99        all_txt = in_f.read().splitlines()
    1010        #get the lines
  • bin/main_elm.py

    r1700 r1705  
    2828import shutil
    2929from get_elm_tensor import elm_tensor
     30from get_ellipsoid import run_elli
    3031
    3132def message_box(text,icon):
     
    3637   
    3738    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    38     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     39    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    3940    sock = socket.socket(socket.AF_INET, # Internet
    4041                         socket.SOCK_DGRAM) # UDP
     
    6061## UDP messaging ##################################################
    6162    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    62     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     63    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    6364    sock = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_DGRAM)
    6465    socket_dict={}
     
    182183    #elm_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir,'ELM_prediction'))]       
    183184    #save params
     185    #copy template
     186    shutil.copy("/opt/genapp/rotdif/bin/ELM_ellipsoid.py",join(str(base_dir),join(sub_dir,"ELM_ellipsoid.py")))
    184187    with open(join(str(base_dir),join(sub_dir,"all_prediction"))) as in_f:
    185188        tmp = in_f.readlines()
     
    197200    pdb = join(str(base_dir),join(sub_dir,Pdbfilename))
    198201    elm_tensor(pdb)
    199     output_res['elm_tensor'] = [join(str(base_dir), join(sub_dir,'ELM_tensor.py'))]
     202    output_res['elm_tensor'] = [join(str(base_dir), join(sub_dir,'ELM_tensor_axes.py'))]
     203    run_elli(join(str(base_dir), sub_dir))
     204    output_res['elm_ellipsoid'] = [join(str(base_dir), join(sub_dir,'ELM_ellipsoid.py'))]
    200205    print(json.dumps(output_res))
  • bin/main_elmdock.py

    r1700 r1705  
    8585            output_res[ 'elmdock_out' ] = [join(str(base_dir),join(sub_dir,'elmdock_transformations.out'))]
    8686            output_res[ 'pdb'] = [join(str(base_dir), join(sub_dir,'out_dock.pdb'))]
    87             view_pdb = join(str(base_dir), join(sub_dir,'elmdock_structures.pdb'))
     87            view_pdb = join(str(base_dir), join(sub_dir,'out_dock.pdb'))
    8888            output_res['outputpdb'] = { "file" : view_pdb, "script" : "ribbon ONLY" }
    8989       
  • bin/main_rotdif.py

    r1700 r1705  
    7272    exp_graph,exp_keys,exp_resi,dyna_resi = exp_plot(color_list, dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag,old_relax)
    7373    outputmd_arr_files = []
    74     log_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir,'rotdif_results.out'))]
    75     ani_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir, 'tensor_axes_full.py'))]
    76     axi_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir, 'tensor_axes_axial.py'))]
     74    log_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir,'rotdif_log.out'))]
     75    ani_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir, 'out_ani.py'))]
     76    axi_out = [join(str(base_dir),join(sub_dir, 'out_axial.py'))]
    7777
    7878    if dyna_flag == True:
  • bin/run_rotdif.py

    r1699 r1705  
    3434   
    3535    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    36     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     36    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    3737    sock = socket.socket(socket.AF_INET, # Internet
    3838                         socket.SOCK_DGRAM) # UDP
     
    6161## UDP messaging ##################################################
    6262    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    63     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     63    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    6464    sock = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_DGRAM)
    6565    socket_dict={}
     
    117117    stdout_rotdif = os.fdopen(master_rotdif, 'r', 0)
    118118    rotdif_log = open('rotdif_log.out','w')
    119     path_to_live_log = join(str(base_dir),join(sub_dir,'rotdif_log.out'))
     119    path_to_live_log = join(str(base_dir),'rotdif_log.out')
    120120    error_string_md = ''
    121121    timeout = 4 # seconds
  • bin/run_rotdif_elmdock.py

    r1653 r1705  
    3535   
    3636    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    37     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     37    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    3838    sock = socket.socket(socket.AF_INET, # Internet
    3939                         socket.SOCK_DGRAM) # UDP
     
    6666## UDP messaging ##################################################
    6767    UDP_IP = json_variables['_udphost']
    68     UDP_PORT = json_variables['_udpport']
     68    UDP_PORT = int(json_variables['_udpport'])
    6969    sock = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_DGRAM)
    7070    socket_dict={}
     
    120120    ProcessRotdif = subprocess.Popen( ProcessToCallRotdif,stdout=slave_rotdif,stdin=PIPE,bufsize=0,close_fds=True)   
    121121    stdout_rotdif = os.fdopen(master_rotdif, 'r', 0)
    122     rotdif_log = open('elmdock_log.out','w')
    123     path_to_live_log = str(base_dir) + "/" + 'elmdock_log.out'
     122    rotdif_log = open('elmdock_results.out','w')
     123    path_to_live_log = str(base_dir) + "/" + 'elmdock_results.out'
    124124    error_string_md = ''
    125125    timeout = 30 # seconds
  • bin/save_dock.py

    r1550 r1705  
    44def save_dock(dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag):
    55    elm_pred = split_data(dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag)[7]
    6     with open('ELMDOCK','w') as out_f:
     6    with open('elmdock_transformations.out','w') as out_f:
    77        for items in elm_pred:
    88            out_f.write(items+'\n')
  • bin/save_dock_elmdock.py

    r1551 r1705  
    44def save_dock(dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag):
    55    elm_pred = split_data(dyna_flag, elm_flag, elmdock_flag)[7]
    6     with open('ELMDOCK','w') as out_f:
     6    with open('elmdock_transformations.out','w') as out_f:
    77        for items in elm_pred:
    88            out_f.write(items+'\n')
  • directives.json

    r1647 r1705  
    11{
     2   "docsbaseurl" : "docs",
    23   "help_text_color_rgb" : "240,240,210",
    34   "logdirectory" : "_log",
  • files/tutorial.html

    r1647 r1705  
    1 <div style="width:850px;margin-left:100px;">
    2 <p><span style="font-weight:bold;font-size:20pt;font-family:'Avenir'">Disclaimer</span></p>
     1 <div style="width:800px;margin-left:100px">
     2    <p><span style="font-weight:bold;font-size:20pt;font-family:'Avenir'">Welcome</span></p>
    33
    4 <p></p>
     4    <p style="text-align:left;margin-bottom:0.000000pt;margin-top:0.000000pt"></p>
     5   
     6    <p style="font-size:16pt;font-family:'Avenir'">
     7    Welcome to ROTDIF, a package for processing, prediction, and rigid-body docking based on nuclear spin-relaxation data!</p>
    58
    6 <p class="" style=
    7 "text-align:justify;margin-bottom:0.0000in;margin-top:0.0000in;margin-right:0.0000in"
    8 awml:style="Normal"><span style=
    9 "font-style:italic;font-size:16pt;font-family:'Avenir'">
    10 For a quick ROTDIF tutorial,</span> <span style=
    11 "font-size:16pt;font-family:'Avenir'">Please click <a href="https://drive.google.com/open?id=1kJJXEVtpoZ-KZ5p_pt1TByJGcBkxHVjc">here to download</a>
    12 </p>
    13 </div>
     9    <p style="text-align:justify;margin-bottom:0.000000pt;margin-top:0.000000pt">
     10    <span style=
     11    "font-size:16pt;font-family:'Avenir'">
     12     ROTDIF-Web is a web-server that helps researchers investigate the amplitudes and time scales of internal motions in biological macromolecules (proteins and nucleic acids). On ROTDIF-Web, users can simultaneously analyze Nuclear Magnetic Resonance (NMR) relaxation data obtained at multiple magnetic fields and for different nuclei. ROTDIF-Web also includes powerful tools for ab initio prediction of rotational diffusion tensors from macromolecular structures and for building macromolecular complexes using rotational diffusion-guided docking. ROTDIF-Web incorporates all the features of portable ROTDIF 3.0 (written in Java) and extends data management and visualization features.
     13    </span></p>
     14    <p><span style="font-weight:bold;font-size:20pt;font-family:'Avenir'">Tutorials</span></p>
     15    <p><a href="rotdif_intro.html" target= "_new">Introduction</a></p>
     16    <p><a href="rotdif_all.html" target="_new">ROTDIF & Dynamics Analysis Tutorial</a></p>
     17    <p><a href="elm.html" target="_new">Diffusion Tensor Prediction Tutorial</a></p>
     18    <p><a href="elmdock.html" target="_new">Diffusion Tensor-guided Docking Tutorial</span></a></p>
     19    <p><span style="font-weight:bold;font-size:16pt;font-family:'Avenir'">If you use ROTDIF in your work, please cite</span></a></p>
     20    <p style="color:#FFFFFF"><a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3939081/" target= "_new">[1] Konstantin Berlin, Andrew Longhini, T. Kwaku Dayie, David Fushman, Deriving quantitative dynamics information for proteins and RNAs using ROTDIF with a graphical user interface, <span style="font-style:italic;font-size:14pt;font-family:'Times New Roman'"> J Biomol NMR, </span> 2013 ;57(4):333-52 </a></p>
     21    <p style="color:#FFFFFF"><a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15140445" target="_new"> [2] Olivier Walker, Ranjani Varadan, David Fushman, Efficient and accurate determination of the overall rotational diffusion tensor of a molecule from 15N relaxation data using computer program ROTDIF,  <span style=
     22    "font-style:italic;font-size:14pt;font-family:'Times New Roman'"> J Magn Reson, </span> 2004;168(2):336-45. </a></p>
     23
     24 </div>
     25
     26
  • menu.json

    r1647 r1705  
    33# "header" : "ROTDIF",
    44 "menu" : [
    5 
    6          {
    7             "id"      : "welcome_menu",
    8             "label"   : "Welcome!",
    9             "icon"    : "pngs/noicon.png",
    10             "autorun" : "welcome",
    11             "startup" : "true",
    12             "nohidemenu" : "true",
    13             "help" : "test welcome help",
    14             "modules" : [
    15                 {
    16                     "id"    : "welcome",
    17                     "label" : "Welcome",
    18                     "nobutton" : "true"
    19                 }
    20             ]
    21         },
    225#       {
    236#            "id"      : "demo_menu",
     
    4427                 }
    4528            ]
    46          }
    47         ,{
    48             "id"      : "Acknowledgements_menu",
    49             "label"   : "Acknowledgements",
    50             "icon"    : "pngs/noicon.png",
    51             "autorun" : "acknowledgements",
    52             "modules" : [
    53                 {
    54                     "id"    : "acknowledgements",
    55                     "label" : "Acknowledgements",
    56                     "nobutton" : "true"
    57                 }
    58             ]
    59         }
    60         ,{
    61             "id"      : "disclaimer_menu",
    62             "label"   : "Official Disclaimer",
    63             "icon"    : "pngs/gnu_disclaimer.png",
    64             "autorun" : "disclaimer",
    65             "modules" : [
    66                 {
    67                     "id"    : "disclaimer",
    68                     "label" : "Official Disclaimer",
    69                     "nobutton" : "true"
    70                 }
    71             ]
    72         }
    73 
    74         ,{
     29         },
     30       {
    7531            "id"      : "rotdif_menu",
    7632            "label"   : "Run ROTDIF",
     
    9652                        ]
    9753            }
    98         ,{
     54        ,
     55       {
     56            "id"      : "Acknowledgements_menu",
     57            "label"   : "Acknowledgements",
     58            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     59            "autorun" : "acknowledgements",
     60            "modules" : [
     61                {
     62                    "id"    : "acknowledgements",
     63                    "label" : "Acknowledgements",
     64                    "nobutton" : "true"
     65                }   
     66            ]   
     67        }   
     68        ,{ 
     69            "id"      : "disclaimer_menu",
     70            "label"   : "Official Disclaimer",
     71            "icon"    : "pngs/gnu_disclaimer.png",
     72            "autorun" : "disclaimer",
     73            "modules" : [
     74                {   
     75                    "id"    : "disclaimer",
     76                    "label" : "Official Disclaimer",
     77                    "nobutton" : "true"
     78                }   
     79            ]   
     80        },
     81        { 
    9982            "id"         : "admin",
    10083            "restricted" : "admin",
     
    10285            "icon"       : "pngs/admin.png",
    10386            "modules" : [
    104                          {
     87                         {  
    10588                          "id"    : "jobmonitor",
    10689                          "label" : "Job monitor"
    107                          }
    108                          ,{
     90                         }   
     91                         ,{  
    10992                          "id"    : "jobintegritycheck",
    11093                          "label" : "Integrity check"
    111                          }
    112                          ,{
     94                         }   
     95                         ,{  
    11396                          "id"    : "sysuserslist",
    11497                          "label" : "Users"
    115                          }
    116                          ,{
     98                         }   
     99                         ,{  
    117100                          "id"    : "sys_manage_users",
    118101                          "label" : "User management"
    119                          }
    120                          ,{
     102                         }   
     103                         ,{
    121104                          "id"    : "jobshistory_1",
    122105                          "label" : "Job history"
    123                          }
    124                                
    125                         ]
    126             }
     106                         }   
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    r1471 r1705  
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    r1471 r1705  
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     36                   "label"    : "Data",
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    54                    "label"   : "PDB File model",
     54                   "label"   : "PDB File Model",
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    6161                   "id"       : "runmenu_label",
    62                    "label"    : "RUN MENU",
     62                   "label"    : "Run Menu",
    6363                   "type"     : "label",
    6464                   "prehline" : "true",
     
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    7878                "id"       : "adv_option",
    79                 "label"    : "check box to enable advanced model",
     79                "label"    : "Check Box to Enable Advanced Model",
    8080                "type"     : "checkbox",
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    8585                "role"    : "input",
    8686                "id"      : "hydro",
    87                 "label"   : "Hydration layer thickness(Angstrom)",
     87                "label"   : "Hydration Layer Thickness(Angstrom)",
    8888                "type"    : "text",
    8989                "required" : "True",
     
    9494                "role"    : "input",
    9595                "id"      : "water",
    96                 "label"   : "Water radius(Angstrom)",
     96                "label"   : "Water Radius(Angstrom)",
    9797                "type"    : "text",
    9898                "required" : "True",
     
    136136                  "type":"file",
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    138                   }                 
     138                  },               
     139                  {
     140                  "role":"output",
     141                  "id" :"elm_ellipsoid",
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     143                  "type":"file",
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    r1701 r1705  
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     27                    ,"label"      : "Run Name"
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     50                   "help"     : "Select Relaxation Data File"
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    5858                   "required" : "true",
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    60                    "help"     : "Upload PDB file"
     60                   "help"     : "Select Coordinates File"
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    6262               {   
    6363                   "role"    : "input",
    6464                   "id"      : "model",
    65                    "label"   : "PDB File model",
     65                   "label"   : "PDB File Model",
    6666                   "type"    : "text",
    6767                   "required" : "True",
     
    7171                   "role"     : "input", 
    7272                   "id"       : "runmenu_label",
    73                    "label"    : "RUN MENU",
     73                   "label"    : "Run Menu",
    7474                   "type"     : "label",
    7575                   "prehline" : "true",
     
    106106                "role"     : "input",
    107107                "id"       : "adv_option",
    108                 "label"    : "check box to enable advanced model",
     108                "label"    : "Check Box to Enable Advanced Model",
    109109                "type"     : "checkbox",
    110110                "checked"  : "false",
     
    114114                "role"    : "input",
    115115                "id"      : "hydro",
    116                 "label"   : "Hydration layer thickness(Angstrom)",
     116                "label"   : "Hydration Layer Thickness(Angstrom)",
    117117                "type"    : "text",
    118118                "required" : "True",
     
    123123                "role"    : "input",
    124124                "id"      : "water",
    125                 "label"   : "Water radius(Angstrom)",
     125                "label"   : "Water Radius(Angstrom)",
    126126                "type"    : "text",
    127127                "required" : "True",
     
    155155                  # "role"  : "output",
    156156                  # "id"    : "elm_out",
    157                   # "label" : "Download ELM prediction ",
     157                  # "label" : "Download ELM Prediction ",
    158158                  # "type"  : "file",
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  • modules/rotdif_all.json

    r1701 r1705  
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    28                     ,"label"      : "run name"
     28                    ,"label"      : "Run Name"
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    3535                   "role"     : "input", 
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    37                    "label"    : "DATA",
     37                   "label"    : "Data",
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    6464                   "role"    : "input",
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    66                    "label"   : "PDB File model",
     66                   "label"   : "PDB File Model",
    6767                   "type"    : "text",
    6868                   "required" : "True",
     
    7272                   "role"     : "input", 
    7373                   "id"       : "runmenu_label",
    74                    "label"    : "RUN MENU",
     74                   "label"    : "Run Menu",
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    94                 "label"   : "Axes length(Angstrom)",
     94                "label"   : "Axes Length(Angstrom)",
    9595                "type"    : "text",
    9696                "required" : "True",
     
    108108                "role"    : "input",
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    110                 "label"   : "Run dynamics ",
     110                "label"   : "Run Dynamics ",
    111111                "type"    : "checkbox",
    112112                "checked" : "false"
     
    152152                   "role"  : "output",
    153153                   "id"    : "axi_out",
    154                    "label" : "Tensor Axes PyMol File, axially symmetric model: ",
     154                   "label" : "Tensor Axes PyMol File, Axially Symmetric Model: ",
    155155                   "type"  : "file",
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     161                   "label" : "Tensor Axes PyMol File, Fully Anisotropic Model: ",
    162162                   "type"  : "file",
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Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.