Changeset 1665 in sassie2


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Mar 5, 2019, 8:42:28 AM (3 years ago)
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curtisj
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enabled Rg plot in TAMC

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  • bin/torsion_angle_monte_carlo

    r1390 r1665  
    152152                "title"  : "Rg Results",
    153153                "xlabel"  : "Structure Number",
    154                 "ylabel"  : "Rg (Angstrom^2)",
     154                "ylabel"  : "Rg (Angstrom)",
    155155
    156156                "legend": {
     
    379379
    380380                        try:
    381                                 cflag_list_box = json_variables['cflag_list_box']
     381                                cflag_check_box = json_variables['cflag_check_box']
    382382                        except:
    383                                 cflag_list_box = 'off'
     383                                cflag_check_box = 'off'
     384
     385
     386                        try:
     387                                directed_mc = json_variables['directed_mc']
     388                        except:
     389                                directed_mc = "0"
    384390
    385391                        plotflag_list_box = "c1"
    386 
    387                         directed_mc = "0"
    388392
    389393                else:
     
    391395                        high_rg_cutoff = "400.0"
    392396                        zflag_check_box = "off"
    393                         cflag_list_box = "off"
     397                        cflag_check_box = "off"
    394398                        plotflag_list_box = "c1"
    395399                        directed_mc = "0"
     
    402406                        z_cutoff = json_variables['zcutoff']
    403407
    404                 if(cflag_list_box == 'off'):
     408                if(cflag_check_box == 'off'):
    405409                        constraint_flag = False
    406410                        constraint_file = 'constraints.txt'
    407                 elif(cflag_list_box == 'on'):
     411                elif(cflag_check_box == 'on'):
    408412                        constraint_flag = True
    409413                        constraint_file = json_variables['confile'][0]
     
    499503                total_string = self.background_job(process,txtQueue,json_variables)
    500504
    501 #                       accepted_rg_file = data_path+runname+'/complex_monte_carlo/'+dcdfile+'.accepted_rg_results_data.txt'
    502 #                       all_rg_file = data_path+runname+'/complex_monte_carlo/'+dcdfile+'.all_rg_results_data.txt'
    503 
    504 #                       self.get_data_from_disk(all_rg_file,accepted_rg_file)
    505 
    506 #                       if(isinstance(self.flot_data, basestring)):
    507 #                               print 'error reading data'
    508 #                               output_dict['plot_error'] = self.flot_data
    509 #                       else:
    510 #                               output_dict['plotout4'] = self.flot_data
     505                accepted_rg_file = data_path+runname+'/monte_carlo/'+dcdfile+'.accepted_rg_results_data.txt'
     506                all_rg_file = data_path+runname+'/monte_carlo/'+dcdfile+'.all_rg_results_data.txt'
     507
     508                self.get_data_from_disk(all_rg_file,accepted_rg_file)
     509
     510                if(isinstance(self.flot_data, basestring)):
     511                        print 'error reading data'
     512                        output_dict['plot_error'] = self.flot_data
     513                else:
     514                        output_dict['rg_plot'] = self.flot_data
    511515
    512516        #if output_dict:
  • modules/torsion_angle_monte_carlo.json

    r1390 r1665  
    222222                   },
    223223                  {
     224                   "role"     : "input",
     225                   "id"       : "directedmc",
     226                   "label"    : "directed Monte Carlo (0==no or Rg value) :",
     227                   "type"     : "text",
     228                   "default"  : "0",
     229                   "required" : "true",
     230                   "repeat"  : "advanced_input"
     231                   },
     232                  {
    224233                   "role"    : "input",
    225                    "id"      : "zflag_list_box",
    226                    "name"    : "zflag_list_box",
     234                   "id"      : "zflag_check_box",
     235                   "name"    : "zflag_check_box",
    227236                   "label"    : "Z coordinate filter :",
    228                    "type"    : "listbox",
    229                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    230                    "default" : "c1",
    231                    "repeat"  : "advanced_input"
     237                   "type"    : "checkbox",
     238                   "checked" : "false",
     239                   "repeat"  : "advanced_input",
     240                   "repeater" : "true"
    232241                   },
    233242                  {
     
    238247                   "default"  : "0.0",
    239248                   "required" : "true",
    240                    "repeat"  : "advanced_input"
    241                    },
    242                   {
    243                    "role"     : "input",
    244                    "id"       : "complex_specific_input_header",
    245                    "label"    : "NOT IMPLEMENTED: Advanced Input : NEEDS REFACTORING",
    246                    "type"     : "label",
    247                    "default"  : " ",
    248                    "prehline" : "true",
    249                    "posthline": "true",
    250                    "repeat"  : "advanced_input"
    251                    },
    252                   {
    253                    "role"    : "input",
    254                    "id"      : "plotflag_list_box",
    255                    "name"    : "plotflag_list_box",
    256                    "label"    : "plot Rg during run : NOT USED",
    257                    "type"    : "listbox",
    258                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    259                    "default" : "c1",
    260                    "repeat"  : "advanced_input"
    261                    },
    262                   {
    263                    "role"     : "input",
    264                    "id"       : "directedmc",
    265                    "label"    : "directed Monte Carlo (0==no or Rg value) : NOT USED",
    266                    "type"     : "text",
    267                    "default"  : "0",
    268                    "required" : "true",
    269                    "repeat"  : "advanced_input"
    270                    },
     249                   "repeat"  : "zflag_check_box"
     250                   },
     251                  #{
     252                  # "role"    : "input",
     253                  # "id"      : "plotflag_list_box",
     254                  # "name"    : "plotflag_list_box",
     255                  # "label"    : "plot Rg during run : NOT USED",
     256                  # "type"    : "listbox",
     257                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     258                  # "default" : "c1",
     259                  # "repeat"  : "advanced_input"
     260                  # },
    271261                  {
    272262                   "role"    : "input",
    273263                   "id"      : "cflag_check_box",
    274264                   "name"    : "cflag_check_box",
    275                    "label"    : "check box to use atomic constraints : NOT USED",
     265                   "label"    : "check box to use atomic constraints :",
    276266                   "type"    : "checkbox",
    277267                   "checked" : "false",
     
    288278                   "repeat"  : "cflag_check_box"
    289279                   },
    290                   {
    291                    "role"    : "input",
    292                    "id"      : "nonbondflag_check_box",
    293                    "name"    : "nonbondflag_check_box",
    294                    "label"    : "check box to use non-bonding energies : NOT USED",
    295                    "type"    : "checkbox",
    296                    "required" : "true",
    297                    "checked" : "false",
    298                    "repeat"  : "advanced_input",
    299                    "repeater"  : "true"
    300                    },
    301                   {
    302                    "role"     : "input",
    303                    "id"       : "nonbondscale",
    304                    "label"    : "non-bonding scale factor : NOT USED",
    305                    "type"     : "text",
    306                    "default"  : "1.0",
    307                    "required" : "true",
    308                    "repeat"  : "nonbondflag_check_box"
    309                    },
    310                   {
    311                    "role"     : "input",
    312                    "id"       : "psffilename",
    313                    "label"    : "psf file name : NOT USED",
    314                    "type"     : "file",
    315                    "required" : "false",
    316                    "default"  : "refgag.psf",
    317                    "repeat"  : "nonbondflag_check_box"
    318                    },
    319                   {
    320                   "role"     : "input",
    321                   "id"       : "dna_specific_input_header",
    322                   "label"    : "NOT IMPLEMENTED: DNA Specific Input : NEEDS REFACTORING",
    323                   "type"     : "label",
    324                   "default"  : " ",
    325                   "prehline" : "true",
    326                   "posthline": "true",
    327                   "repeat"  : "advanced_input"
    328                   },
    329                   {
    330                   "role"     : "input",
    331                   "id"       : "bp_per_bead",
    332                   "label"    : "number of base pairs per bead",
    333                   "type"     : "text",
    334                   "default"  : "1",
    335                   "repeat"  : "advanced_input"
    336                   },
    337                   {
    338                   "role"     : "input",
    339                   "id"       : "soft_rotation",
    340                   "label"    : "soft rotation averaged over N beads",
    341                   "type"     : "text",
    342                   "default"  : "1",
    343                   "repeat"  : "advanced_input"
    344                   },
    345                   {
    346                   "role"     : "input",
    347                   "id"       : "n_dcd_write",
    348                   "label"    : "DCD save frequency",
    349                   "type"     : "text",
    350                   "default"  : "1",
    351                   "repeat"  : "advanced_input"
    352                   },
    353                   {
    354                   "role"     : "input",
    355                   "id"       : "seed",
    356                   "label"    : "random seed",
    357                   "type"     : "text",
    358                   "default"  : "0",
    359                   "repeat"  : "advanced_input"
    360                   },
    361                   {
    362                   "role"     : "input",
    363                   "id"       : "debug",
    364                   "label"    : "print debugging information",
    365                   "type"    : "listbox",
    366                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
    367                   "default" : "c1",
    368                   "repeat"  : "advanced_input"
    369                   },
    370                   {
    371                   "role"     : "input",
    372                   "id"       : "write_flex",
    373                   "label"    : "save file labeling information",
    374                   "type"    : "listbox",
    375                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
    376                   "default" : "c1",
    377                   "repeat"  : "advanced_input"
    378                   },
    379                   {
    380                   "role"     : "input",
    381                   "id"       : "keep_cg_files",
    382                   "label"    : "keep coarse-grain DNA and protein pdb and dcd files",
    383                   "type"    : "listbox",
    384                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
    385                   "default" : "c1",
    386                   "repeat"  : "advanced_input"
    387                   },
    388                   {
    389                   "role"     : "input",
    390                   "id"       : "keep_unique",
    391                   "label"    : "keep duplicate structure when move fails",
    392                   "type"    : "listbox",
    393                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
    394                   "default" : "c2",
    395                   "repeat"  : "advanced_input"
    396                   },
    397                   {
    398                   "role"     : "input",
    399                   "id"       : "rm_pkl",
    400                   "label"    : "remove binary pkl cg file",
    401                   "type"    : "listbox",
    402                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
    403                   "default" : "c1",
    404                   "repeat"  : "advanced_input"
    405                   },
     280#                 {
     281#                   "role"    : "input",
     282#                   "id"      : "nonbondflag_check_box",
     283#                   "name"    : "nonbondflag_check_box",
     284#                   "label"    : "check box to use non-bonding energies : NOT USED",
     285#                   "type"    : "checkbox",
     286#                  "required" : "true",
     287#                   "checked" : "false",
     288#                   "repeat"  : "advanced_input",
     289#                   "repeater"  : "true"
     290#                   },
     291#                  {
     292#                   "role"     : "input",
     293#                   "id"       : "nonbondscale",
     294#                   "label"    : "non-bonding scale factor : NOT USED",
     295#                   "type"     : "text",
     296#                   "default"  : "1.0",
     297#                   "required" : "true",
     298#                   "repeat"  : "nonbondflag_check_box"
     299#                   },
     300#                  {
     301#                   "role"     : "input",
     302#                   "id"       : "psffilename",
     303#                   "label"    : "psf file name : NOT USED",
     304#                   "type"     : "file",
     305#                   "required" : "false",
     306#                   "default"  : "refgag.psf",
     307#                   "repeat"  : "nonbondflag_check_box"
     308#                   },
     309                  #{
     310                  # "role"     : "input",
     311                  # "id"       : "dna_specific_input_header",
     312                  # "label"    : "NOT IMPLEMENTED: DNA Specific Input : NEEDS REFACTORING",
     313                  # "type"     : "label",
     314                  # "default"  : " ",
     315                  # "prehline" : "true",
     316                  # "posthline": "true",
     317                  # "repeat"  : "advanced_input"
     318                  # },
     319                  #{
     320                  # "role"     : "input",
     321                  # "id"       : "bp_per_bead",
     322                  # "label"    : "number of base pairs per bead",
     323                  # "type"     : "text",
     324                  # "default"  : "1",
     325                  # "repeat"  : "advanced_input"
     326                  # },
     327                  #{
     328                  # "role"     : "input",
     329                  # "id"       : "soft_rotation",
     330                  # "label"    : "soft rotation averaged over N beads",
     331                  # "type"     : "text",
     332                  # "default"  : "1",
     333                  # "repeat"  : "advanced_input"
     334                  # },
     335                  #{
     336                  # "role"     : "input",
     337                  # "id"       : "n_dcd_write",
     338                  # "label"    : "DCD save frequency",
     339                  # "type"     : "text",
     340                  # "default"  : "1",
     341                  # "repeat"  : "advanced_input"
     342                  # },
     343                  #{
     344                  # "role"     : "input",
     345                  # "id"       : "seed",
     346                  # "label"    : "random seed",
     347                  # "type"     : "text",
     348                  # "default"  : "0",
     349                  # "repeat"  : "advanced_input"
     350                  # },
     351                  #{
     352                  # "role"     : "input",
     353                  # "id"       : "debug",
     354                  # "label"    : "print debugging information",
     355                  # "type"    : "listbox",
     356                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     357                  # "default" : "c1",
     358                  # "repeat"  : "advanced_input"
     359                  # },
     360                  #{
     361                  # "role"     : "input",
     362                  # "id"       : "write_flex",
     363                  # "label"    : "save file labeling information",
     364                  # "type"    : "listbox",
     365                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     366                  # "default" : "c1",
     367                  # "repeat"  : "advanced_input"
     368                  # },
     369                  #{
     370                  # "role"     : "input",
     371                  # "id"       : "keep_cg_files",
     372                  # "label"    : "keep coarse-grain DNA and protein pdb and dcd files",
     373                  # "type"    : "listbox",
     374                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     375                  # "default" : "c1",
     376                  # "repeat"  : "advanced_input"
     377                  # },
     378                  #{
     379                  # "role"     : "input",
     380                  # "id"       : "keep_unique",
     381                  # "label"    : "keep duplicate structure when move fails",
     382                  # "type"    : "listbox",
     383                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     384                  # "default" : "c2",
     385                  # "repeat"  : "advanced_input"
     386                  # },
     387                  #{
     388                  # "role"     : "input",
     389                  # "id"       : "rm_pkl",
     390                  # "label"    : "remove binary pkl cg file",
     391                  # "type"    : "listbox",
     392                  # "values"  : "no~c1~yes~c2",
     393                  # "default" : "c1",
     394                  # "repeat"  : "advanced_input"
     395                  # },
    406396                  {
    407397                   "role"    : "output",
     
    420410                   {
    421411                   "role"    : "output",
    422                    "id"      : "plotout4",
     412                   "id"      : "rg_plot",
    423413                   "label"   : "all rg and accepted rg data",
    424                    "type"    : "plot2d"
     414                   "type"    : "plot2d",
     415                   "pan"     : "true",
     416                   "zoom"    : "true",
     417                   "hover"   : "true",
     418                   "help"    : "drag to pan, double click to zoom, to reset zoom and pan: click on title, axis labels or live coordinates box"
    425419                   }
    426420                  ],
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.