Changeset 1390 in sassie2


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Jan 16, 2018, 1:00:30 PM (4 years ago)
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curtisj
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added rg and z-coor filters to TAMC

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  • bin/torsion_angle_monte_carlo

    r1059 r1390  
    263263            #### END USER EDIT
    264264        else:
    265             runname = json_variables['runname']
    266 
    267             base_directory = json_variables['_base_directory']
    268 
    269             path = base_directory.replace('\/','/') + "/"
    270 
    271             os.chdir(path)
    272             data_path = path
    273 
    274             pdbfile = json_variables['pdbfile'][0]
    275             try:
    276                 psffile = json_variables['psffile'][0]
    277                 psf_flag = True
    278             except:
    279                 psffile = 'None'
    280                 psf_flag = True
    281 
    282             dcdfile = str(json_variables['dcdfile'])
    283             print 'dcdfile = ',dcdfile
    284             print 'type(dcdfile) = ',type(dcdfile)
    285 
    286             try:
    287                 max_steps = json_variables['max_steps']
    288                 energy_convergence = json_variables['energy_convergence']
    289                 step_size = json_variables['step_size']
    290             except:
    291                 max_steps = '1000'
    292                 energy_convergence = '1.0'
    293                 step_size = '0.002'
    294 
    295             number_of_flexible_regions = json_variables['number_of_flexible_regions']
    296             goback = json_variables['goback']
    297             temperature = json_variables['temperature']
    298 
    299             temperature = json_variables['temperature']
    300             trial_steps = json_variables['trial_steps']
    301             goback = json_variables['goback']
    302 
    303             temp_basis_string_array = json_variables['basis_string_array']
    304             print 'basis_string_array = ',temp_basis_string_array
    305             print 'type(basis_string_array) = ',type(temp_basis_string_array)
    306 
    307             basis_string_array = []
    308             for bs in temp_basis_string_array:
    309                 basis_string_array.append(str(bs))
    310 
    311             print 'basis_string_array = ',basis_string_array
    312             print 'type(basis_string_array) = ',type(basis_string_array)
    313 
    314             temp_post_basis_string_array = json_variables['post_basis_string_array']
    315             post_basis_string_array = []
    316             for bs in temp_post_basis_string_array:
    317                 post_basis_string_array.append(str(bs))
    318 
    319             temp_delta_theta_array = json_variables['delta_theta_array']
    320             delta_theta_array = ''
    321             for delta in temp_delta_theta_array:
    322                 delta_theta_array += delta+ ','
    323             delta_theta_array = delta_theta_array[:-1]
    324 
    325             print 'delta_theta_array = ',delta_theta_array
    326             print 'type(delta_theta_array) = ',type(delta_theta_array)
    327             #delta_theta_array = '30.0, 30.0'
    328             choice_rotation_type_array = json_variables['rotation_type_array']
    329             print 'choice_rotation_type_array = ',choice_rotation_type_array
    330             print 'type(choice_rotation_type_array) = ',type(choice_rotation_type_array)
    331             rotation_type_array = []
    332             for choice in choice_rotation_type_array:
    333                 if choice == 'c1':
    334                     rotation_type_array.append('protein_backbone_torsion')
    335                 elif choice == 'c2':
    336                     rotation_type_array.append('single_stranded_nucleic_backbone_torsion')
    337                 elif choice == 'c3':
    338                     rotation_type_array.append('double_stranded_nucleic_torsion')
    339                 elif choice == 'c4':
    340                     rotation_type_array.append('isopeptide_bond_torsion')
    341             choice_rotation_direction_array = json_variables['rotation_direction_array']
    342 
    343             rotation_direction_array = []
    344             for choice in choice_rotation_direction_array:
    345                 if choice == 'c1':
    346                     rotation_direction_array.append('forward')
    347                 elif choice == 'c2':
    348                     rotation_direction_array.append('reverse')
    349 
    350 #               sys.stdout.flush()
    351 #               sys.exit()
    352 
    353             ### here
    354 
    355             low_rg_cutoff = '0'
    356             high_rg_cutoff = '400.0'
    357 
    358             z_flag = False
    359             z_cutoff = '0.0'
    360 
    361             constraint_flag = False
    362             constraint_file = 'constraints.txt'
    363 
    364             directed_mc = '0'
    365 
    366             nonbondflag = '0'
    367             seed = '0, 123'  # set this to '1,123' if you want to set the seed or '0,123' if not
    368 
    369             overlap_list_box = json_variables['overlap_list_box']
    370 
    371             if(overlap_list_box == "c1"):
    372                 overlap_basis = 'heavy'
    373                 cutoff = '0.8'
    374             elif(overlap_list_box == "c2"):
    375                 overlap_basis = 'all'
    376                 cutoff = '0.8'
    377             elif(overlap_list_box == "c3"):
    378                 overlap_basis = 'backbone'
    379                 cutoff = '1.0'
    380             else:
    381                 overlap_basis = 'heavy'
    382                 cutoff = '0.8'
    383 
    384             '''
     265               
     266                runname = json_variables['runname']
     267
     268                base_directory = json_variables['_base_directory']
     269
     270                path = base_directory.replace('\/','/') + "/"
     271
     272                os.chdir(path)
     273                data_path = path
     274
     275                pdbfile = json_variables['pdbfile'][0]
     276                try:
     277                        psffile = json_variables['psffile'][0]
     278                        psf_flag = True
     279                except:
     280                        psffile = 'None'
     281                        psf_flag = True
     282
     283                dcdfile = str(json_variables['dcdfile'])
     284                print 'dcdfile = ',dcdfile
     285                print 'type(dcdfile) = ',type(dcdfile)
     286
     287                try:
     288                        max_steps = json_variables['max_steps']
     289                        energy_convergence = json_variables['energy_convergence']
     290                        step_size = json_variables['step_size']
     291                except:
     292                        max_steps = '1000'
     293                        energy_convergence = '1.0'
     294                        step_size = '0.002'
     295
     296                number_of_flexible_regions = json_variables['number_of_flexible_regions']
     297                goback = json_variables['goback']
     298                temperature = json_variables['temperature']
     299
     300                trial_steps = json_variables['trial_steps']
     301                goback = json_variables['goback']
     302
     303                temp_basis_string_array = json_variables['basis_string_array']
     304                print 'basis_string_array = ',temp_basis_string_array
     305                print 'type(basis_string_array) = ',type(temp_basis_string_array)
     306
     307                basis_string_array = []
     308                for bs in temp_basis_string_array:
     309                        basis_string_array.append(str(bs))
     310
     311                print 'basis_string_array = ',basis_string_array
     312                print 'type(basis_string_array) = ',type(basis_string_array)
     313
     314                temp_post_basis_string_array = json_variables['post_basis_string_array']
     315                post_basis_string_array = []
     316                for bs in temp_post_basis_string_array:
     317                        post_basis_string_array.append(str(bs))
     318
     319                temp_delta_theta_array = json_variables['delta_theta_array']
     320                delta_theta_array = ''
     321                for delta in temp_delta_theta_array:
     322                        delta_theta_array += delta+ ','
     323                delta_theta_array = delta_theta_array[:-1]
     324
     325                print 'delta_theta_array = ',delta_theta_array
     326                print 'type(delta_theta_array) = ',type(delta_theta_array)
     327
     328                choice_rotation_type_array = json_variables['rotation_type_array']
     329                print 'choice_rotation_type_array = ',choice_rotation_type_array
     330                print 'type(choice_rotation_type_array) = ',type(choice_rotation_type_array)
     331                rotation_type_array = []
     332                for choice in choice_rotation_type_array:
     333                        if choice == 'c1':
     334                                rotation_type_array.append('protein_backbone_torsion')
     335                        elif choice == 'c2':
     336                                rotation_type_array.append('single_stranded_nucleic_backbone_torsion')
     337                        elif choice == 'c3':
     338                                rotation_type_array.append('double_stranded_nucleic_torsion')
     339                        elif choice == 'c4':
     340                                rotation_type_array.append('isopeptide_bond_torsion')
     341                choice_rotation_direction_array = json_variables['rotation_direction_array']
     342
     343                rotation_direction_array = []
     344                for choice in choice_rotation_direction_array:
     345                        if choice == 'c1':
     346                                rotation_direction_array.append('forward')
     347                        elif choice == 'c2':
     348                                rotation_direction_array.append('reverse')
     349
     350                overlap_list_box = json_variables['overlap_list_box']
     351
     352                if(overlap_list_box == "c1"):
     353                        overlap_basis = 'heavy'
     354                        cutoff = '0.8'
     355                elif(overlap_list_box == "c2"):
     356                        overlap_basis = 'all'
     357                        cutoff = '0.8'
     358                elif(overlap_list_box == "c3"):
     359                        overlap_basis = 'backbone'
     360                        cutoff = '1.0'
     361                else:
     362                        overlap_basis = 'heavy'
     363                        cutoff = '0.8'
     364
    385365                try:
    386366                        advanced_input = json_variables['advanced_input']
     
    390370                if(advanced_input == "on"):
    391371
    392                         #basis = json_variables['basis']
    393                         #cutoff = json_variables['cutoff']
    394                         lowrg = json_variables['lowrg']
    395                         highrg = json_variables['highrg']
     372                        low_rg_cutoff = json_variables['lowrg']
     373                        high_rg_cutoff = json_variables['highrg']
    396374
    397375                        try:
     
    404382                        except:
    405383                                cflag_list_box = 'off'
    406                         #plotflag_list_box = json_variables['plotflag_list_box']
     384
    407385                        plotflag_list_box = "c1"
    408386
    409                         directedmc = json_variables['directedmc']
     387                        directed_mc = "0"
    410388
    411389                else:
    412                         #basis = 'CA'
    413                         #cutoff = '3.0'
    414                         lowrg = "20.0"
    415                         highrg = "185.0"
    416                         zcutoff = "0.0"
     390                        low_rg_cutoff = "0.0"
     391                        high_rg_cutoff = "400.0"
    417392                        zflag_check_box = "off"
    418393                        cflag_list_box = "off"
    419394                        plotflag_list_box = "c1"
    420                         directedmc = "0"
    421 
     395                        directed_mc = "0"
    422396
    423397                if(zflag_check_box == 'off'):
    424                         zflag = '0' # NO
    425                         zcutoff = '0'
     398                        z_flag = False
     399                        z_cutoff = '0.0'
    426400                elif(zflag_check_box == 'on'):
    427                         zflag = '1' # YES
    428                         zcutoff = json_variables['zcutoff']
     401                        z_flag = True
     402                        z_cutoff = json_variables['zcutoff']
    429403
    430404                if(cflag_list_box == 'off'):
    431                         cflag = '0' # NO
    432                         confile = 'constraints.txt'
     405                        constraint_flag = False
     406                        constraint_file = 'constraints.txt'
    433407                elif(cflag_list_box == 'on'):
    434                         cflag = '1' # YES
    435                         confile = json_variables['confile'][0]
    436                         #head, confile = os.path.split(temp_confile[0])
     408                        constraint_flag = True
     409                        constraint_file = json_variables['confile'][0]
     410
    437411                if(plotflag_list_box == 'c1'):
    438412                        plotflag = '0' # NO
    439                 elif(plotflag_list_box == 'c2'):
    440                         plotflag = '1' # YES
    441 
    442                 '''
     413                elif(plotflag_list_box == 'c2'):
     414                        plotflag = '1' # YES
     415           
     416                nonbondflag = '0'
     417                seed = '0, 123'  # set this to '1,123' if you want to set the seed or '0,123' if not
     418
    443419        plotflag = '0'
    444420
     
    468444        svariables['cutoff'] = (cutoff, 'float')
    469445
    470 
    471446        svariables['low_rg_cutoff'] = (low_rg_cutoff, 'float')
    472447        svariables['high_rg_cutoff'] = (high_rg_cutoff, 'float')
  • modules/torsion_angle_monte_carlo.json

    r895 r1390  
    202202                  {
    203203                   "role"     : "input",
    204                    "id"       : "dna_specific_input_header",
    205                    "label"    : "NOT IMPLEMENTED: DNA Specific Input : NEEDS REFACTORING",
    206                    "type"     : "label",
    207                    "default"  : " ",
    208                    "prehline" : "true",
    209                    "posthline": "true",
    210                    "repeat"  : "advanced_input"
    211                    },
    212                   {
    213                    "role"     : "input",
    214                    "id"       : "bp_per_bead",
    215                    "label"    : "number of base pairs per bead",
    216                    "type"     : "text",
    217                    "default"  : "1",
    218                    "repeat"  : "advanced_input"
    219                    },
    220                   {
    221                    "role"     : "input",
    222                    "id"       : "soft_rotation",
    223                    "label"    : "soft rotation averaged over N beads",
    224                    "type"     : "text",
    225                    "default"  : "1",
    226                    "repeat"  : "advanced_input"
    227                    },
    228                   {
    229                    "role"     : "input",
    230                    "id"       : "n_dcd_write",
    231                    "label"    : "DCD save frequency",
    232                    "type"     : "text",
    233                    "default"  : "1",
    234                    "repeat"  : "advanced_input"
    235                    },
    236                   {
    237                    "role"     : "input",
    238                    "id"       : "seed",
    239                    "label"    : "random seed",
    240                    "type"     : "text",
    241                    "default"  : "0",
    242                    "repeat"  : "advanced_input"
    243                    },
    244                   {
    245                    "role"     : "input",
    246                    "id"       : "debug",
    247                    "label"    : "print debugging information",
    248                    "type"    : "listbox",
    249                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    250                    "default" : "c1",
    251                    "repeat"  : "advanced_input"
    252                    },
    253                   {
    254                    "role"     : "input",
    255                    "id"       : "write_flex",
    256                    "label"    : "save file labeling information",
    257                    "type"    : "listbox",
    258                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    259                    "default" : "c1",
    260                    "repeat"  : "advanced_input"
    261                    },
    262                   {
    263                    "role"     : "input",
    264                    "id"       : "keep_cg_files",
    265                    "label"    : "keep coarse-grain DNA and protein pdb and dcd files",
    266                    "type"    : "listbox",
    267                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    268                    "default" : "c1",
    269                    "repeat"  : "advanced_input"
    270                    },
    271                   {
    272                    "role"     : "input",
    273                    "id"       : "keep_unique",
    274                    "label"    : "keep duplicate structure when move fails",
    275                    "type"    : "listbox",
    276                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    277                    "default" : "c2",
    278                    "repeat"  : "advanced_input"
    279                    },
    280                   {
    281                    "role"     : "input",
    282                    "id"       : "rm_pkl",
    283                    "label"    : "remove binary pkl cg file",
    284                    "type"    : "listbox",
    285                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    286                    "default" : "c1",
     204                   "id"       : "lowrg",
     205                   "label"    : "low Rg cutoff :",
     206                   "type"     : "float",
     207                   "default"  : 0.0,
     208                   "min"      : 0.0,
     209                   "step"     : 0.01,
     210                   "required" : "true",
     211                   "repeat"  : "advanced_input"
     212                   },
     213                  {
     214                   "role"     : "input",
     215                   "id"       : "highrg",
     216                   "label"    : "high Rg cutoff :",
     217                   "type"     : "float",
     218                   "default"  : 300.0,
     219                   "step"     : 0.01,
     220                   "required" : "true",
     221                   "repeat"  : "advanced_input"
     222                   },
     223                  {
     224                   "role"    : "input",
     225                   "id"      : "zflag_list_box",
     226                   "name"    : "zflag_list_box",
     227                   "label"    : "Z coordinate filter :",
     228                   "type"    : "listbox",
     229                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     230                   "default" : "c1",
     231                   "repeat"  : "advanced_input"
     232                   },
     233                  {
     234                   "role"     : "input",
     235                   "id"       : "zcutoff",
     236                   "label"    : "Z cutoff (angstroms) :",
     237                   "type"     : "text",
     238                   "default"  : "0.0",
     239                   "required" : "true",
    287240                   "repeat"  : "advanced_input"
    288241                   },
     
    295248                   "prehline" : "true",
    296249                   "posthline": "true",
    297                    "repeat"  : "advanced_input"
    298                    },
    299                   {
    300                    "role"     : "input",
    301                    "id"       : "lowrg",
    302                    "label"    : "low Rg cutoff : NOT USED",
    303                    "type"     : "float",
    304                    "default"  : 0.0,
    305                    "min"      : 0.0,
    306                    "step"     : 0.01,
    307                    "required" : "true",
    308                    "repeat"  : "advanced_input"
    309                    },
    310                   {
    311                    "role"     : "input",
    312                    "id"       : "highrg",
    313                    "label"    : "high Rg cutoff : NOT USED",
    314                    "type"     : "float",
    315                    "default"  : 300.0,
    316                    "step"     : 0.01,
    317                    "required" : "true",
    318                    "repeat"  : "advanced_input"
    319                    },
    320                   {
    321                    "role"    : "input",
    322                    "id"      : "zflag_list_box",
    323                    "name"    : "zflag_list_box",
    324                    "label"    : "Z coordinate filter : NOT USED",
    325                    "type"    : "listbox",
    326                    "values"  : "no~c1~yes~c2",
    327                    "default" : "c1",
    328                    "repeat"  : "advanced_input"
    329                    },
    330                   {
    331                    "role"     : "input",
    332                    "id"       : "zcutoff",
    333                    "label"    : "Z cutoff (angstroms) : NOT USED",
    334                    "type"     : "text",
    335                    "default"  : "0.0",
    336                    "required" : "true",
    337250                   "repeat"  : "advanced_input"
    338251                   },
     
    405318                   },
    406319                  {
     320                   "role"     : "input",
     321                   "id"       : "dna_specific_input_header",
     322                   "label"    : "NOT IMPLEMENTED: DNA Specific Input : NEEDS REFACTORING",
     323                   "type"     : "label",
     324                   "default"  : " ",
     325                   "prehline" : "true",
     326                   "posthline": "true",
     327                   "repeat"  : "advanced_input"
     328                   },
     329                  {
     330                   "role"     : "input",
     331                   "id"       : "bp_per_bead",
     332                   "label"    : "number of base pairs per bead",
     333                   "type"     : "text",
     334                   "default"  : "1",
     335                   "repeat"  : "advanced_input"
     336                   },
     337                  {
     338                   "role"     : "input",
     339                   "id"       : "soft_rotation",
     340                   "label"    : "soft rotation averaged over N beads",
     341                   "type"     : "text",
     342                   "default"  : "1",
     343                   "repeat"  : "advanced_input"
     344                   },
     345                  {
     346                   "role"     : "input",
     347                   "id"       : "n_dcd_write",
     348                   "label"    : "DCD save frequency",
     349                   "type"     : "text",
     350                   "default"  : "1",
     351                   "repeat"  : "advanced_input"
     352                   },
     353                  {
     354                   "role"     : "input",
     355                   "id"       : "seed",
     356                   "label"    : "random seed",
     357                   "type"     : "text",
     358                   "default"  : "0",
     359                   "repeat"  : "advanced_input"
     360                   },
     361                  {
     362                   "role"     : "input",
     363                   "id"       : "debug",
     364                   "label"    : "print debugging information",
     365                   "type"    : "listbox",
     366                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     367                   "default" : "c1",
     368                   "repeat"  : "advanced_input"
     369                   },
     370                  {
     371                   "role"     : "input",
     372                   "id"       : "write_flex",
     373                   "label"    : "save file labeling information",
     374                   "type"    : "listbox",
     375                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     376                   "default" : "c1",
     377                   "repeat"  : "advanced_input"
     378                   },
     379                  {
     380                   "role"     : "input",
     381                   "id"       : "keep_cg_files",
     382                   "label"    : "keep coarse-grain DNA and protein pdb and dcd files",
     383                   "type"    : "listbox",
     384                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     385                   "default" : "c1",
     386                   "repeat"  : "advanced_input"
     387                   },
     388                  {
     389                   "role"     : "input",
     390                   "id"       : "keep_unique",
     391                   "label"    : "keep duplicate structure when move fails",
     392                   "type"    : "listbox",
     393                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     394                   "default" : "c2",
     395                   "repeat"  : "advanced_input"
     396                   },
     397                  {
     398                   "role"     : "input",
     399                   "id"       : "rm_pkl",
     400                   "label"    : "remove binary pkl cg file",
     401                   "type"    : "listbox",
     402                   "values"  : "no~c1~yes~c2",
     403                   "default" : "c1",
     404                   "repeat"  : "advanced_input"
     405                   },
     406                  {
    407407                   "role"    : "output",
    408408                   "id"      : "progress_output",
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.