Changeset 1048 in vortexshedding


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Jul 27, 2016, 6:29:36 AM (5 years ago)
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ehb
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update svn to latest live version

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  • appconfig.json

    r635 r1048  
    11{
    2   "mail"     : {
     2   "mail"     : {
    33                "admin"    : "emre@biochem.uthscsa.edu"
    44                ,"feedback" : "emre@biochem.uthscsa.edu,mjbanks2@illinois.edu"
    5                 ,"from"     : "gw165.iu.xsede.org"
    6                }
    7   ,"hostip"   : "149.165.228.53"
    8   ,"hostname" : "gw165.iu.xsede.org"
    9   ,"messaging" : {
    10                   "wsport"   : 8080
    11                   ,"zmqhostip" : "127.0.0.1"
    12                   ,"zmqport" : 37778
    13                   ,"udphostip" : "127.0.0.1"
    14                   ,"udpport" : 37779
    15                  }
    16   ,"restricted" : {
     5                ,"from"     : "149.165.169.58"
     6               },
     7   "resources" : {
     8      "local" : ""
     9   },
     10   "resourcedefault" : "local",
     11   "messaging" : {
     12      "tcpport" : 37780,
     13      "udpport" : 37779,
     14      "tcphostip" : "127.0.0.1",
     15      "udphostip" : "127.0.0.1",
     16      "zmqport" : 37778,
     17      "zmqhostip" : "127.0.0.1",
     18      "wssport" : 80,
     19      "wsport" : 37777
     20   },
     21   "hostip" : "149.165.169.58",
     22   "lockdir" : "/opt/genapp/etc",
     23   "restricted" : {
    1724      "admin"     : [ "emre", "spamidig" ]
    18   }
    19   ,"resources" : {
    20                   "local"      : ""
    21                  }
    22   ,"resourcedefault" : "local"
    23   ,"submitpolicy"    : "login"
     25      ,"cache"     : [ "emre" ]
     26   },
     27   "joblimits"  : {
     28                   "default"   : 2,
     29                   "restricted" : {
     30                     "admin" : "unlimited"
     31                    },
     32                   "users" : {
     33                     "sabuda" : "unlimited"
     34                    }
     35                  },
     36   "submitpolicy" : "login",
     37   "hostname" : "149.165.169.58",
     38   "groups" : { "login" : { "label" : "Login" } }
    2439}
  • bin/dev/spr_ell.rea

    r536 r1048  
    1717   1000.0000   p013 IOCOMM
    1818  0.000000     p014 IOTIME
    19   1000.000     p015 IOSTEP
     19  100.0000     p015 IOSTEP
    2020   0.00000     p016 PSSOLVER: 0=default
    2121   0.00000     p017
  • bin/flowinducedvibration

    r537 r1048  
    1414# $$remote{ "genmap" }  = "/home/gridchem/bin/genmap";
    1515
    16 $queue_polling_seconds = 10;
    17 $sleep_after_complete  = 10;
     16$queue_polling_seconds  = 10;
     17$sleep_after_complete   = 15;
     18$max_retries_for_output = 7;
    1819
    1920my @getresults = (
     
    1050910510        sendmsg( "Submitting job to Comet\n", 0.05 );
    1051010511        print "cmd is:\n$cmd\n" if $debug;
     10512        open DBG, ">>/tmp/runlogalpha";
     10513        print DBG "$cmd\n";
    1051110514        my $results = `$cmd 2>&1`;
    1051210515        print "results:\n$results\n" if $debug;
     10516        print DBG $results;
     10517        close DBG;
    1051310518        ( my $jobid_submitted )            = $results =~ /\nSubmitted batch job (\d+)\n/;
    1051410519        ( my $jobid_cluster_script )       = $results =~ /\nJOBID_FROM_CLUSTER_SCRIPT= (\d+)\n/;
     
    1057910584}
    1058010585
    10581 sleep $sleep_after_complete;
     10586# sleep $sleep_after_complete;
    1058210587
    1058310588# setup to_get aa
     
    1059210597# check if they exist
    1059310598
    10594     my $checkall = '{' . ( join ',',@getresults ) . "}";
    10595 
    10596     my $cmd = "ssh $remotesys 'cd $output_dir; ls -1 $checkall' 2>/dev/null\n";
    10597     print $cmd if $debug;
    10598     my @results = `$cmd`;
    10599     grep chomp, @results;
     10599    my $maxtries = $max_retries_for_output;
     10600    my @results;
     10601    my $sleeptime = $sleep_after_complete;
     10602    my $retry_count = 0;
     10603    while( $maxtries-- && scalar @results != @getresults ) {
     10604        $sleeptime *= 2 if $sleeptime < $sleep_after_complete * 20;
     10605        print "sleeping $sleeptime\n" if $debug;
     10606        sleep $sleeptime;
     10607        sendmsg( $retry_count ? "Retrieving results retry $retry_count\n" : "Retrieving results\n", 0.85 );
     10608        $retry_count++;
     10609        print "retry to get all data countdown from $maxtries\n" if $debug;
     10610
     10611        my $checkall = '{' . ( join ',',@getresults ) . "}";
     10612
     10613        my $cmd = "ssh $remotesys 'cd $output_dir; ls -1 $checkall' 2>/dev/null\n";
     10614        print $cmd if $debug;
     10615        @results = `$cmd`;
     10616        grep chomp, @results;
     10617    }
     10618
     10619    print "failed to get all data within our tries\n" if $debug && scalar @results != @getresults;
    1060010620   
    1060110621    my $getem = '{' . ( join ',',@results ) . "}";
     
    1066410684
    1066510685print encode_json( $res ) . "\n";
    10666 
  • directives.json

    r692 r1048  
    33{
    44  "title"                     : "Vortex Shedding",
    5 
     5"register" : {
     6        "verifyemail"             : "true"
     7    },
    68# "genapptest" below could be replaced, but you should probably also then replace "genapptest" in the paths below
    79# the application name should not contain any special characters
     
    2325  "docroot"                   :
    2426                                {
    25                                  "html5" : "/var/www/htdocs"
     27                                 "html5" : "/var/www/html"
    2628                                },
    2729# these are helper editor and pdb viewer applications and can be changed
     
    3537# global hover help texts
    3638  "help"                      : {
    37                                "user_config" : "Settings Manager: use change projects and settings"
    38                                ,"register"    : "Click me to register"
    39                                ,"jobs"        : "Job Manager: use to monitor running and finished jobs"
    40                                ,"files"       : "File Manager: use to download and remove files"
    41                                ,"feedback"    : "Press to provide feedback to Google Groups page"
     39                               "user_config" : "Settings Manager: use to change Projects and Settings"
     40                               ,"register"    : "Click me to Register!"
     41                               ,"jobs"        : "Job Manager: Use to monitor Running and Finished jobs"
     42                               ,"files"       : "File Manager: Use to download and remove files"
     43                               ,"feedback"    : "Press to provide Feedback to the Google Groups page"
    4244                               ,"docs"        : "Press to open a new web page with SASSIE documentation"
    43                                ,"login"       : "Press to login"
    44                                ,"logoff"      : "Press to logoff"
    45                                ,"help"        : "Toggle to turn help on/off"
    46                                ,"project"     : "Name of current project: use Settings Manager to change"
    47                                ,"menu"        : "Toggle this icon to open and close the main menu"
    48 #                               ,"submit"      : "this is help for the submit button"
    49 #                               ,"reset"       : "this is help for the reset to default values button"
    50 #                               ,"apptitle"    : "this is application help"
     45                               ,"login"       : "Press to Login"
     46                               ,"logoff"      : "Press to Logoff"
     47                               ,"help"        : "Toggle to turn Help on/off"
     48                               ,"project"     : "Name of Current Project: Use Settings Manager to change"
     49                               ,"menu"        : "Toggle this icon to open and close the Main Menu!"
     50#                               ,"submit"      : "This is help for the Submit button"
     51#                               ,"reset"       : "This is help for the Reset to Default Values button"
     52#                               ,"apptitle"    : "This is Application Help"
    5153                                },
    5254
     
    8183  "button_hover_g_color_rgb"  : "228,255,250",
    8284  "button_hover_g_color_hex"  : "E4FFFA",
    83   "header1_color"             : "228,255,250",
    84   "header2_color"             : "228,255,250",
    85   "header3_color"             : "228,255,250",
    86   "header4_color"             : "228,255,250",
     85  "header1_color"             : "255,255,255",
     86  "header2_color"             : "0,0,0",
     87  "header3_color"             : "0,0,0",
     88  "header4_color"             : "0,0,0",
    8789  "help_background_color_rgb" : "0,0,75",
    88   "help_text_color_rgb"       : "240,240,210"
     90  "help_text_color_rgb"       : "240,240,210",
     91  "link_unvisited_color_rgb"  : "0,0,75",
     92  "link_hover_color_rgb"      : "0,75,0"
    8993
    9094# paper colors (useful for screenshots for publications)
     
    9599#  "button_color_rgb"          : "192,192,255",
    96100#  "button_color_hex"          : "C0C0FF",
    97 #  "button_g_color_rgb"        : "255,255,255",
     101#  "button_g_color_rgb"        : "0,0,0",
    98102#  "button_g_color_hex"        : "FFFFFF",
    99103#  "button_hover_color_rgb"    : "192,192,192",
    100104#  "button_hover_color_hex"    : "C0C0C0",
    101 #  "button_hover_g_color_rgb"  : "255,255,255",
     105#  "button_hover_g_color_rgb"  : "0,0,0",
    102106#  "button_hover_g_color_hex"  : "FFFFFF",
    103107#  "header1_color"             : "0,0,128",
     
    151155# only uncomment if you have configured secure web sockets in your webserver
    152156#  ,"usewss"                  : "true"
     157  ,"usews"                  : "true"
    153158
    154159# the following are currently only meaningful for "html5" language
     
    165170# optionally use a splash screen (login or register)"
    166171#  ,"usesplash"               : "true"
     172
     173  ,"style" : {
     174# fix the sidebar (menu) width
     175        "sidebarwidth"         : "240px"
     176# specify a right margin
     177        ,"rightmargin"         : "240px"
     178# alignment of the menu text
     179        ,"sidebartextalign"    : "left"
     180# extra space between the left edge and the menu text
     181        ,"sidebarleftpadding"  : "10px"
     182# top of the sidebar
     183        ,"sidebartop"          : "0px"
     184# height of the sidebar
     185        ,"sidebarheight"       : "100%"
     186# sidebar a background color  (in r,g,b format)
     187        ,"sidebarbackgroundcolor" : "0,128,255"
     188# alignment of the menu text
     189        ,"menutextalign"    : "left"
     190# extra space between the right of the text and the edge of the menu box
     191# note: this will be *inside* the color box
     192        ,"sidebarrightpadding" : "10px"
     193# extra space between outside of menu box
     194        ,"sidebarrightmargin"  : "70px"
     195# specify a global background image
     196#       ,"backgroundimage"     : "pngs/testbg.png"
     197# force the menu to always show
     198        ,"nomenuhide"          : "true"
     199# give the menu text a color other than the default text color (in r,g,b format)
     200        ,"menutextcolor"       : "0,0,0"
     201# give the menu a title
     202        ,"menutitle"           : "Main Menu"
     203# fix menu position
     204        ,"menupositionfixed"   : "true"
     205  }
    167206}
  • menu.json

    r635 r1048  
    11# this is a project menu file
    22{
    3  "menu" : [
    4            {
     3    "menu" : [
     4        {
     5            "id"      : "welcome_menu",
     6            "label"   : "Welcome!",
     7            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     8            "autorun" : "welcome",
     9            "startup" : "true",
     10#            "nohidemenu" : "true",
     11#            "help" : "test welcome help",
     12            "modules" : [
     13                {
     14                    "id"    : "welcome",
     15                    "label" : "Welcome",
     16                    "nobutton" : "true"
     17                }
     18            ]
     19        }
     20         ,{
     21            "id"      : "importance_menu",
     22            "label"   : "The Importance of VIV",
     23            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     24            "autorun" : "importance",
     25            "modules" : [
     26                {
     27                    "id"    : "importance",
     28                    "label" : "The Importance of VIV",
     29                    "nobutton" : "true"
     30                }
     31            ]
     32        }
     33         ,{
     34            "id"      : "setting_menu",
     35            "label"   : "Setting Up the Problem",
     36            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     37            "autorun" : "setting",
     38            "modules" : [
     39                {
     40                    "id"    : "setting",
     41                    "label" : "setting",
     42                    "nobutton" : "true"
     43                }
     44            ]
     45        }
     46         ,{
     47            "id"      : "numericalaspects_menu",
     48            "label"   : "Numerical Aspects",
     49            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     50            "autorun" : "numericalaspects",
     51            "modules" : [
     52                {
     53                    "id"    : "numericalaspects",
     54                    "label" : "Numerical Aspects",
     55                    "nobutton" : "true"
     56                }
     57            ]
     58        }
     59        ,{
    560            "id"      : "simulate",
    661            "label"   : "Simulate",
    7             "icon"    : "pngs/simulate.png",
     62            "group"   : "login",
     63            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     64            "autorun" : "flowinducedvibration",
    865            "modules" : [
    9                          {
    10                           "id"    : "flowinducedvibration",
    11                           "label" : "Flow Induced Vibration"
    12                          }
    13                         ]
    14             }
    15            ,{
     66                {
     67                    "id"    : "flowinducedvibration",
     68                    "label" : "Flow Induced Vibration",
     69                    "nobutton" : "true"
     70                }
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     73        ,{
     74            "id"      : "previous_runs",
     75            "label"   : "Available Results",
     76            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     77            "autorun" : "cachedresultsfiv",
     78            "modules" : [
     79                {
     80                    "id"    : "cachedresultsfiv",
     81                    "label" : "Cached results FIV",
     82                    "nobutton" : "true"
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     87#        ,{
     88#            "id"      : "nes_menu",
     89#            "label"   : "What&apos;s An NES?",
     90#            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     91#            "autorun" : "nes",
     92#            "modules" : [
     93#                {
     94#                    "id"    : "nes",
     95#                    "label" : "What's An NES?",
     96#                   "nobutton" : "true"
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     98#            ]
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     100#
     101        ,{
     102            "id"       : "theodorevonkarman_menu",
     103            "label"    : "Theodore von K&aacute;rm&aacute;n",
     104            "icon"     : "pngs/noicon.png",
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     114        ,{
     115            "id"      : "about_us_menu",
     116            "label"   : "About Us",
     117            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     118            "autorun" : "about_us",
     119            "modules" : [
     120                {
     121                    "id"    : "about_us",
     122                    "label" : "About Us",
     123                    "nobutton" : "true"
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     127
     128        ,{
     129            "id"      : "Acknowledgements_menu",
     130            "label"   : "Acknowledgments",
     131            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     132            "autorun" : "Acknowledgements",
     133            "modules" : [
     134                {
     135                    "id"    : "Acknowledgements",
     136                    "label" : "Acknowledgements",
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     139            ]
     140        }
     141        ,{
     142            "id"      : "disclaimer_menu",
     143            "label"   : "Official Disclaimer",
     144            "icon"    : "pngs/noicon.png",
     145            "autorun" : "disclaimer",
     146            "modules" : [
     147                {
     148                    "id"    : "disclaimer",
     149                    "label" : "Official Disclaimer",
     150                    "nobutton" : "true"
     151                }
     152            ]
     153        }
     154#
     155        ,{
    16156            "id"         : "admin",
    17157            "restricted" : "admin",
     
    19159            "icon"       : "pngs/admin.png",
    20160            "modules"    : [
    21                             {
    22                              "id"    : "jobmonitor",
    23                              "label" : "Job monitor"
    24                             }
    25                             ,{
    26                              "id"    : "jobintegritycheck",
    27                              "label" : "Integrity check"
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    29                             ,{
    30                              "id"    : "sysuserslist",
    31                              "label" : "Users"
    32                             }
    33                            ]
    34             }
    35            ,{
     161                {
     162                    "id"    : "jobmonitor",
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     165                ,{
     166                    "id"    : "jobintegritycheck",
     167                    "label" : "Integrity check"
     168                }
     169                ,{
     170                    "id"    : "sysuserslist",
     171                    "label" : "Users"
     172                }
     173            ]
     174        }
     175        ,{
    36176            "id"      : "etc",
    37177            "modules" : [
    38                          {
    39                           "id"    : "sys_file_manager",
    40                           "label" : "File manager"
    41                          }
     178                {
     179                    "id"    : "sys_file_manager",
     180                    "label" : "File manager"
     181                }
    42182            ]
    43           }
     183        }
    44184    ]
    45185}
  • modules/flowinducedvibration.json

    r636 r1048  
    77    ,"executable"   : "flowinducedvibration"
    88    ,"submitpolicy" : "login"
     9# cache can be "public" or "private"
     10    ,"cache"          : "public"
     11# cachefound can be "notify", "askrecompute" or commented out (no notification)
     12    ,"cachefound"     : "askrecompute"
     13    ,"cachedelete"    : "admin"
     14    ,"hideifnotlogon" : "true"
     15    ,"backgroundimage" : "pngs/compbg.png"
     16    ,"center"         : "true"
     17    ,"jobweight"      : 1
     18
    919    ,"fields"   : [
    1020                  {
    1121                   "role"       : "input",
     22                   "id"         : "text1",
     23                   "type"       : "html",
     24                   "value"      : "__< range.docx"
     25                   },
     26                   {
     27                   "role"       : "input",
    1228                   "id"         : "re",
    13                    "label"      : "Reynolds Number",
     29                   "label"      : "Re = ",
    1430                   "type"       : "float",
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    1834                   "required"   : "true",
    19                    "specifiedproject" : "re"
     35                   "specifiedproject" : "Re_"
    2036                   },
    21                   {
     37                   {
     38                   "role"       : "input",
     39                   "id"         : "M",
     40                   "label"      : "m* = ",
     41                   "type"       : "float",
     42#                   "type"       : "hidden",
     43                  "default"    : 10.0,
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     46                   "required"   : "false",
     47                   "specifiedproject" : "_m_"
     48                   },
     49                   {
    2250                   "role"    : "input",
    2351                   "id"      : "fnstar",
    24                    "label"   : "Inverse Spring Constant",
     52                   "label"   : "1/k* = ",
    2553                   "type"    : "float",
    2654                   "default" : 0.2,
     
    2856                   "max"     : 0.5,
    2957                   "required" : "true",
    30                    "specifiedproject" : "fns"
     58                   "specifiedproject" : "_k_"
    3159                   },
    3260                  {
     
    4068                   "max"     : 5,
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    4371                   },
     72#                  {
     73#                   "role"    : "input",
     74#                   "id"      : "aa",
     75#                   "label"   : "Aspect Ratio",
     76#                   "type"    : "float",
     77#                   "default" : 1,
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     80#                   "required" : "true",
     81#                   "specifiedproject" : "aa"
     82#                   },
    4483                   {
    4584                   "role"  : "output",
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.