Changeset 1033 in parammd


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Jul 14, 2016, 6:57:58 PM (5 years ago)
Author:
alexey
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Movies with and without solvent..

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  • bin/parammd.py

    r1030 r1033  
    874874#outputmin_arr_files.append(str(base_dir) + "/" + 'namd_out_whole_min' + ".vel")
    875875
    876 
    877876outputmd_arr_files = []
    878877outputmd_arr_files.append(str(base_dir) + "/" + "namd_equil.dcd")
     
    893892### SHOW VIDEO #########################################################
    894893
    895 ScriptLocationMovie = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/pov_to_png.sh'
    896 ScriptLocationVMD = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/vmd_movie_maker.tcl'
    897 shutil.copy(ScriptLocationVMD, json_variables['_base_directory'])
    898 
    899 ProcessVideo = []
    900 ProcessVideo.append(ScriptLocationMovie)
    901 ProcessCreateMovie = subprocess.Popen(ProcessVideo)
    902 
    903 output_res[ 'vid' ] = str(base_dir) + "/" + "out_proc"
     894if 'movie_show' in json_variables:
     895    socket_dict["_textarea"] = '\nGenerating Movie of the Simulation Trajectory...\n\n'
     896    if socket_dict:
     897        doc_string = json.dumps(socket_dict)
     898        sock.sendto(doc_string,(UDP_IP,UDP_PORT))
     899   
     900    ScriptLocationMovie = ''
     901    ScriptLocationVMD = ''
     902
     903    if json_variables[ 'movie_choice' ] == 'withsolvent':   
     904        ScriptLocationMovie = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/pov_to_png_with_solvent.sh'
     905        ScriptLocationVMD = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/vmd_movie_maker.tcl'
     906        shutil.copy(ScriptLocationVMD, json_variables['_base_directory'])
     907    if json_variables[ 'movie_choice' ] == 'nosolvent':   
     908        ScriptLocationMovie = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/pov_to_png_no_solvent.sh'
     909        ScriptLocationVMD = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/vmd_movie_maker.tcl'
     910        ScriptLocationStripWater = InitialDirectoryStr + '/vmd_script/vmd_strip_water.tcl'
     911        shutil.copy(ScriptLocationVMD, json_variables['_base_directory'])
     912        shutil.copy(ScriptLocationStripWater, json_variables['_base_directory'])
     913       
     914    ProcessVideo = []
     915    ProcessVideo.append(ScriptLocationMovie)
     916    ProcessCreateMovie = subprocess.Popen(ProcessVideo)
     917   
     918    socket_dict["_textarea"] = '\nMovie Generated...\n\n'
     919    if socket_dict:
     920        doc_string = json.dumps(socket_dict)
     921        sock.sendto(doc_string,(UDP_IP,UDP_PORT))
     922
     923    output_res[ 'vid' ] = str(base_dir) + "/" + "out_proc"
    904924
    905925#ffmpeg -y -i spr_ell.mp4 -c:v libvpx -crf 18 -b:v 1M spr_ell_proc.webm > /dev/null 2>&1
  • bin/vmd_script/vmd_movie_maker.tcl

    r1030 r1033  
    33
    44foreach i $argv {
    5     mol addfile $i type {dcd} first 0 last -1 step 10 waitfor all top
     5    mol addfile $i type {dcd} first 0 last -1 step 1 waitfor all top
    66    set num [molinfo top get numframes]
    77    # loop through the frames
  • menu.json

    r831 r1033  
    6464            "label"   : "Parametrize",
    6565            "icon"    : "pngs/simulate.png",
    66             "help"    : "help text",
     66            #"help"    : "help text",
    6767            "autorun" : "param_test",
    6868            "modules" : [
  • modules/param_test.json

    r1030 r1033  
    33    "moduleid" : "param_test",
    44    "label"    : "Calculate",
    5     "help"     : "help for Bead Modeller",
     5    #"help"     : "help for Bead Modeller",
    66    #"center"   : "true",
     7    #"centeroutput" : "true",
    78    "fields"   : [
    89               {
     
    193194                     "label"    : "Output Frequency (steps)",
    194195                     "type"     : "integer", 
    195                      "default"  : 10,
    196                      "min"      : 1,
    197                      "required" : "true",
    198                      "repeat"   : "md_options",
    199                      "help"     : "help"
    200                  },
     196                     "default"  : 100,
     197                     "min"      : 1,
     198                     "required" : "true",
     199                     "repeat"   : "md_options",
     200                     "help"     : "help"
     201                 },
     202               {
     203                     "role"     : "input", 
     204                     "id"       : "movie_show",
     205                     "label"    : "Show Trajectory Movie?",
     206                     "type"     : "checkbox", 
     207                     "checked"  : "true",
     208                     "required" : "false",
     209                     "repeat"   : "md_options",
     210                     "repeater" : "yes",
     211                     "help"     : "help"
     212                 },     
     213               {
     214                     "role"     : "input", 
     215                     "id"       : "movie_choice",
     216                     "label"    : "",
     217                     "type"     : "listbox", 
     218                     "values"   : "with solvent~withsolvent~no solvent~nosolvent",
     219                     "default"  : "withsolvent",
     220                     "repeat"   : "movie_show",
     221                     "help"     : "help"
     222                 },             
    201223
    202224#####################################################################################################
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.