Changeset 1003 in quafit


Ignore:
Timestamp:
Jul 7, 2016, 1:20:52 PM (6 years ago)
Author:
alexey
Message:

cleaning up unnecessary portions...

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • bin/parser_gennap_modifier.pl

    r1002 r1003  
    432432        else
    433433        {
    434             #print "VAR: " . $id .":". $$ref{$repeatername}->{$id_key};
    435             #exit;
    436434            print OUT "$id:$$ref{$repeatername}->{$id_key}[$k]\n";
    437435        }
     
    473471    }   
    474472}
    475 
    476 
    477473
    478474sub Process_t_cbr_reps {
     
    671667################################################################################
    672668
    673 
    674669#print " VAR:  " . $$ref{'num_states'}->{num_rigid_domains}[1]{geom_center_vect}[1]{Startingmodulus_anggeom_center_vect};
    675670#exit;
    676 
    677671
    678672###############################################################################
     
    1001995                }
    1002996            }
    1003 
    1004 
    1005 
    1006 
    1007            
    1008         }
    1009        
    1010     }
    1011    
    1012    
    1013 
    1014 
    1015 
    1016 
    1017 
    1018 
    1019 
    1020 
    1021 
    1022 
    1023 
    1024 
    1025     elsif ($line_copy =~ m/Aggregate  #AGBEGIN/)
    1026     {
    1027         $line_copy =~ s/#AGBEGIN//;
    1028        
    1029         my $hashrd = $$ref{'num_ags'}->{point_group_symmetry};
    1030         my $length = scalar( @{ $hashrd } );
    1031 
    1032         for ( my $k = 0; $k < $length; $k++)
    1033         {
    1034             print OUT $line_copy;
    1035             my @temp_rdlines = @aglines;
    1036             for (my $i = 0; $i < @temp_rdlines; $i++)
    1037             {
    1038                 if ($temp_rdlines[$i] =~ m/#TAG/)
    1039                 {
    1040                     Process_tag_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_ags');
    1041                 }
    1042                 #elsif ($temp_rdlines[$i] =~ m/#T_CBR/)
    1043                 #{
    1044                 #    Process_t_cbr_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_ags');
    1045                 #}
    1046                 else
    1047                 {
    1048                     $temp_rdlines[$i] =~ s/\s+$//;
    1049                     print OUT $temp_rdlines[$i] ."\n";
    1050                 }
    1051             }
    1052         }
    1053     }
    1054    
    1055     elsif ($line_copy =~ m/Linker     #LINKERBEGIN/)
    1056     {
    1057         $line_copy =~ s/#LINKERBEGIN//;
    1058        
    1059         my $hashrd = $$ref{'num_flinkers'}->{primary_structure_from_n_to_cterm};
    1060         my $length = scalar( @{ $hashrd } );
    1061 
    1062         for ( my $k = 0; $k < $length; $k++)
    1063         {
    1064             print OUT $line_copy;
    1065             my @temp_rdlines = @fllines;
    1066             for (my $i = 0; $i < @temp_rdlines; $i++)
    1067             {
    1068                 if ($temp_rdlines[$i] =~ m/#TAG/)
    1069                 {
    1070                     Process_tag_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_flinkers');
    1071                 }
    1072                 elsif ($temp_rdlines[$i] =~ m/#AACTERMFL/)
    1073                 {
    1074                     $temp_rdlines[$i] =~ s/#AACTERMFL//;
    1075                     chomp $temp_rdlines[$i];
    1076                     my $id_exp = (split(/[:]/, $temp_rdlines[$i]))[0];
    1077                    
    1078                     print OUT $id_exp.":". $$ref{'num_flinkers'}->{aa__of_the_pdb_of_the_previous_rd_cterm}[$k] ."\n";
    1079                 }
    1080                 else
    1081                 {
    1082                     $temp_rdlines[$i] =~ s/\s+$//;
    1083                     print OUT $temp_rdlines[$i] ."\n";
    1084                 }
    1085             }
    1086         }
    1087     }
    1088 
    1089     elsif ($line_copy =~ m/Rigid Domain/)
    1090     {
    1091         my $hashrd = $$ref{'num_rigid_domains'}->{pdb_location};
    1092         my $length = scalar( @{ $hashrd } );
    1093 
    1094         #print "VAR: " .$$ref{'num_rigid_domains'}->{geom_center_vect}[0]{Startingmodulus_anggeom_center_vect};
    1095         #exit;
    1096         for ( my $k = 0; $k < $length; $k++)
    1097         {
    1098             print OUT $line_copy;
    1099             my @temp_rdlines = @rdlines;
    1100             for (my $i = 0; $i < @temp_rdlines; $i++)
    1101             {
    1102                 if ($temp_rdlines[$i] =~ m/#TAG/)
    1103                 {
    1104                     Process_tag_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_rigid_domains');
    1105                 }
    1106                 #elsif ($temp_rdlines[$i] =~ m/#T_CBR/)
    1107                 #{
    1108                 #    Process_t_cbr_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_rigid_domains');
    1109                 #}
    1110                 #elsif ($temp_rdlines[$i] =~ m/#PDB/)
    1111                 #{
    1112                 #    Process_pdb_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_rigid_domains', 'pdb_location', 1);
    1113                 #}
    1114                 else
    1115                 {
    1116                     $temp_rdlines[$i] =~ s/\s+$//;
    1117                     print OUT $temp_rdlines[$i] ."\n";
    1118                 }
    1119             }
    1120         }
    1121     }
    1122     elsif ($line_copy =~ m/#AABEGIN/)
    1123     {
    1124         $line_copy =~ s/#AABEGIN//;
    1125         print OUT $line_copy;
    1126 
    1127         my $hashrd = $$ref{'num_aaconst'}->{aa_number};
    1128         my $length = scalar( @{ $hashrd } );
    1129        
    1130         for ( my $k = 0; $k < $length; $k++)
    1131         {
    1132             my @temp_rdlines = @aaconstlines;
    1133             for (my $i = 0; $i < @temp_rdlines; $i++)
    1134             {
    1135                 if ($temp_rdlines[$i] =~ m/#SYNTAXAA/)
    1136                 {
    1137                     Process_aasyntax_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_aaconst');
    1138                 }
    1139                 else
    1140                 {
    1141                     $temp_rdlines[$i] =~ s/\s+$//;
    1142                     print OUT $temp_rdlines[$i] ."\n";
    1143                 }
    1144             }
    1145         }
    1146     }
    1147     elsif ($line_copy =~ m/#AAPAIRBEGIN/)
    1148     {
    1149         $line_copy =~ s/#AAPAIRBEGIN//;
    1150         print OUT $line_copy;
    1151 
    1152         my $hashrd = $$ref{'num_pair_aaconst'}->{aa_number_i};
    1153         my $length = scalar( @{ $hashrd } );
    1154        
    1155         for ( my $k = 0; $k < $length; $k++)
    1156         {
    1157             my @temp_rdlines = @aapairconstlines;
    1158             for (my $i = 0; $i < @temp_rdlines; $i++)
    1159             {
    1160                 if ($temp_rdlines[$i] =~ m/#SYNTAXAAPAIR/)
    1161                 {
    1162                     Process_aapairsyntax_reps($temp_rdlines[$i], $k, 'num_pair_aaconst');
    1163                 }
    1164                 else
    1165                 {
    1166                     $temp_rdlines[$i] =~ s/\s+$//;
    1167                     print OUT $temp_rdlines[$i] ."\n";
    1168                 }
    1169             }
    1170         }
    1171     }
    1172 
     997        }
     998    }
     999   
     1000    # EXPERIMENTS ##############################################################
    11731001    elsif ($line_copy =~ m/Number of Experiments/)
    11741002    {
     
    14551283    }
    14561284
    1457 
    1458 
    14591285    elsif ($line_copy =~ m/#STONE_FLAG/)
    14601286    {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.