source: rotdif/modules/rotdif_local_additions.json @ 1471

Last change on this file since 1471 was 1471, checked in by alexey, 2 years ago

ROTDIF

  • Property svn:executable set to *
File size: 5.8 KB
Line 
1# this is a module file, any module specific info belongs here
2{
3    "moduleid" : "rotdif_local",
4    "label"    : "Calculate",
5    #"resource" : "oscluster",
6    "submitpolicy" : "login",
7    #"help"     : "help for Bead Modeller",
8    #"center"   : "true",
9    #"centeroutput" : "true",
10    #"notify"    : "alexsav.science@gmail.com",
11    "notify" : "email",
12
13   
14    "fields"   : [
15
16               {
17                    "role"       : "input"
18                    ,"id"         : "projectname"
19                    ,"label"      : "Project name"
20                    ,"type"       : "text"
21                    ,"required"   : "true"
22                    ,"help"       : "Enter a project name"
23                    ,"specifiedproject" : "Run_"
24                },
25################################################################
26               { 
27                   "role"     : "input", 
28                   "id"       : "data_label",
29                   "label"    : "DATA",
30                   "type"     : "label",
31                   "prehline" : "true",
32                   "posthline": "true",
33                   "default"  : ""
34               },
35
36                  {
37                   "role"     : "input",
38                   "id"       : "relax_location",
39                   "label"    : "Relaxation File",
40                   "type"     : "lrfile",
41                   "required" : "true",
42                   "accept"   : ".txt",
43                   "help"     : "Upload relaxation file"
44                   },   
45             
46                  {
47                   "role"     : "input",
48                   "id"       : "pdb_location",
49                   "label"    : "PDB File",
50                   "type"     : "lrfile",
51                   "required" : "true",
52                   "accept"   : ".pdb",
53                   "help"     : "Upload PDB file"
54                   },   
55
56               { 
57                   "role"     : "input", 
58                   "id"       : "runmenu_label",
59                   "label"    : "RUN MENU",
60                   "type"     : "label",
61                   "prehline" : "true",
62                   "posthline": "true",
63                   "default"  : ""
64               },
65
66             {
67                  "role"     : "input", 
68                  "id"       : "optimization_method",
69                  "label"    : "Optimization Method",
70                  "type"     : "listbox",
71                  "values"   : "Least Squares~leastsq~Robust Least Squares (3.0sig)~robust",
72                  "repeater" : "yes",
73                  "default"  : "leastsq",
74                  "help"     : "Choose optimization method"
75              },
76
77            {
78                "role"    : "input", 
79                "id"      : "stat", 
80                "label"   : "Full Statistics ", 
81                "type"    : "checkbox", 
82                "checked" : "false" 
83            },
84
85## additions #############################################
86            {
87                "role"    : "input", 
88                "id"      : "rundyn", 
89                "label"   : "Run Dynamics ", 
90                "type"    : "checkbox", 
91                "checked" : "true" 
92            },
93
94            {
95                "role"    : "input", 
96                "id"      : "runelmpred", 
97                "label"   : "Run ELM  Predictions ", 
98                "type"    : "checkbox", 
99                "checked" : "false" 
100            },
101
102            {
103                "role"    : "input", 
104                "id"      : "runelmdock", 
105                "label"   : "Run ELMDOCK ", 
106                "type"    : "checkbox", 
107                "checked" : "false" 
108            },
109
110           {
111               "role"     : "input",
112               "id"       : "temperature",
113               "label"    : "Temperature (K): ",
114               "type"     : "float",
115               "default"  : 298.0,
116               "min"      : 0,
117               "required" : "true"
118           },
119
120           {
121               "role"     : "input",
122               "id"       : "outfile",
123               "label"    : "Output File Name Prefix",
124               "type"     : "text",
125               "default"  : ""
126           },
127
128            {
129                "role"    : "input", 
130                "id"      : "axes", 
131                "label"   : "Add Axes ", 
132                "type"    : "checkbox", 
133                "checked" : "false" 
134            },
135
136           {
137               "role"     : "input",
138               "id"       : "axeslength",
139               "label"    : "Axes Length (A) ",
140               "type"     : "float",
141               "default"  : 5.0,
142               "min"      : 0,
143               "required" : "true"
144           },
145       
146       
147
148 #####################################################################################################
149                 {
150                     "role"    : "output",
151                     "id"      : "progress_output",
152                     "label"   : "Progress: ",
153                     "type"    : "progress",
154                     "max"     : 1.0
155                 },     
156                {
157                   "role"    : "output",
158                   "id"      : "progress_text",
159                   "label"   : "Calculation Report: ",
160                   "type"    : "textarea",
161                   #"append"  : "on",
162                   "cols"    : 40
163                  },
164
165                {
166                   "role"    : "output",
167                   "id"      : "live_log",
168                   "label"   : "Live Log File:  ",
169                   "type"    : "html"
170                },     
171
172                   {
173                   "role"  : "output",
174                   "id"    : "outputrotdif",
175                   "label" : "Detailed Results File: ",
176                   "type"  : "file",
177                   "multiple": "true"   
178                  }
179           
180                   ,{
181                   "role"  : "output",
182                   "id"    : "fit_plot",
183                   "label" : "2D Model Fit:",
184                   "type"  : "plot2d",
185                   "height": "450px",
186                   "width" : "700px",
187                   "pan"   : "false",
188                   "zoom"  : "false",
189                   "backgroundcolor" : "white",   
190                   "selzoom" : "true",
191                   "changescalex" : "true",     
192                   "changescaley" : "true",   
193                   "savetofile" : "true", 
194                   "rotatedylabel" : "true", 
195                   "customtooltips": "true", 
196                   "showcollapse": "true",
197                   "hover" : "true"
198                   #"help"  : "drag to pan, double click to zoom, to reset zoom and pan: click on title, axis labels or live coordinates box"   
199                   }
200                ,{
201                   "role"  : "output",
202                   "id"    : "plot_3d",
203                   "label" : "3D Model Fit:",
204                   "showcollapse": "true",
205                   "type"  : "plot3d"
206                }
207                 
208
209                 ],
210# the executable will take inputs in order and produce output
211    "executable" : "rotdif.py"
212    #"executable" : "rotdif_bokeh.py"
213    #,"executable" : "rinit.sh"
214}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.