source: rotdif/modules/rotdif_local.json @ 1471

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ROTDIF

  • Property svn:executable set to *
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Line 
1# this is a module file, any module specific info belongs here
2{
3    "moduleid" : "rotdif_local",
4    "label"    : "Calculate",
5    #"resource" : "oscluster",
6    "submitpolicy" : "login",
7    #"help"     : "help for Bead Modeller",
8    #"center"   : "true",
9    #"centeroutput" : "true",
10    #"notify"    : "alexsav.science@gmail.com",
11    "notify" : "email",
12
13   
14    "fields"   : [
15
16               {
17                    "role"       : "input"
18                    ,"id"         : "projectname"
19                    ,"label"      : "Project name"
20                    ,"type"       : "text"
21                    ,"required"   : "true"
22                    ,"help"       : "Enter a project name"
23                    ,"specifiedproject" : "Run_"
24                },
25################################################################
26               { 
27                   "role"     : "input", 
28                   "id"       : "data_label",
29                   "label"    : "DATA",
30                   "type"     : "label",
31                   "prehline" : "true",
32                   "posthline": "true",
33                   "default"  : ""
34               },
35
36                  {
37                   "role"     : "input",
38                   "id"       : "relax_location",
39                   "label"    : "Relaxation File",
40                   "type"     : "lrfile",
41                   "required" : "true",
42                   "accept"   : ".txt",
43                   "help"     : "Upload relaxation file"
44                   },   
45             
46                  {
47                   "role"     : "input",
48                   "id"       : "pdb_location",
49                   "label"    : "PDB File",
50                   "type"     : "lrfile",
51                   "required" : "true",
52                   "accept"   : ".pdb",
53                   "help"     : "Upload PDB file"
54                   },   
55
56               { 
57                   "role"     : "input", 
58                   "id"       : "runmenu_label",
59                   "label"    : "RUN MENU",
60                   "type"     : "label",
61                   "prehline" : "true",
62                   "posthline": "true",
63                   "default"  : ""
64               },
65
66             {
67                  "role"     : "input", 
68                  "id"       : "optimization_method",
69                  "label"    : "Optimization Method",
70                  "type"     : "listbox",
71                  "values"   : "Least Squares~leastsq~Robust Least Squares (3.0sig)~robust",
72                  "repeater" : "yes",
73                  "default"  : "leastsq",
74                  "help"     : "Choose optimization method"
75              },
76
77            {
78                "role"    : "input", 
79                "id"      : "stat", 
80                "label"   : "Full Statistics ", 
81                "type"    : "checkbox", 
82                "checked" : "false" 
83            },
84
85       
86
87 #####################################################################################################
88                 {
89                     "role"    : "output",
90                     "id"      : "progress_output",
91                     "label"   : "Progress: ",
92                     "type"    : "progress",
93                     "max"     : 1.0
94                 },     
95                {
96                   "role"    : "output",
97                   "id"      : "progress_text",
98                   "label"   : "Calculation Report: ",
99                   "type"    : "textarea",
100                   #"append"  : "on",
101                   "cols"    : 40
102                  },
103
104                {
105                   "role"    : "output",
106                   "id"      : "live_log",
107                   "label"   : "Live Log File:  ",
108                   "type"    : "html"
109                },     
110
111                   {
112                   "role"  : "output",
113                   "id"    : "outputrotdif",
114                   "label" : "Detailed Results File: ",
115                   "type"  : "file",
116                   "multiple": "true"   
117                  }
118           
119                   ,{
120                   "role"  : "output",
121                   "id"    : "fit_plot",
122                   "label" : "2D Model Fit:",
123                   "type"  : "plot2d",
124                   "height": "450px",
125                   "width" : "700px",
126                   "pan"   : "false",
127                   "zoom"  : "false",
128                   "backgroundcolor" : "white",   
129                   "selzoom" : "true",
130                   "changescalex" : "true",     
131                   "changescaley" : "true",   
132                   "savetofile" : "true", 
133                   "rotatedylabel" : "true", 
134                   "customtooltips": "true", 
135                   "showcollapse": "true",
136                   "hover" : "true"
137                   #"help"  : "drag to pan, double click to zoom, to reset zoom and pan: click on title, axis labels or live coordinates box"   
138                   }
139                ,{
140                   "role"  : "output",
141                   "id"    : "plot_3d",
142                   "label" : "3D Model Fit:",
143                   "showcollapse": "true",
144                   "type"  : "plot3d"
145                }
146                 
147
148                 ],
149# the executable will take inputs in order and produce output
150    "executable" : "rotdif.py"
151    #"executable" : "rotdif_bokeh.py"
152    #,"executable" : "rinit.sh"
153}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.