source: rotdif/modules/rotdif_all.json @ 1705

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finish ellipsoid

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Line 
1# this is a module file, any module specific info belongs here
2{
3    "moduleid" : "rotdif_all",
4    "label"    : "Calculate",
5    #"resource" : "oscluster",
6    "submitpolicy" : "login",
7    #"help"     : "help for Bead Modeller",
8    #"center"   : "true",
9    #"centeroutput" : "true",
10    #"notify"    : "alexsav.science@gmail.com",
11    "notify" : "email",
12
13   
14    "fields"   : [
15                  {   
16                   "role"     : "input", 
17                   "id"       : "ROTDIF_label",
18                   "label"    : "ROTDIF & Dynamics Analysis",
19                   "type"     : "label",
20                   "prehline" : "true",
21                   "posthline": "true",
22                   "default"  : "header4"
23               }, 
24
25               {
26                    "role"       : "input"
27                    ,"id"         : "run_name"
28                    ,"label"      : "Run Name"
29                    ,"type"       : "text"
30                    ,"required"   : "true"
31                    ,"help"       : "Enter a name to run this task"
32                },
33################################################################
34               { 
35                   "role"     : "input", 
36                   "id"       : "data_label",
37                   "label"    : "Data",
38                   "type"     : "label",
39                   "prehline" : "true",
40                   "posthline": "true",
41                   "default"  : ""
42               },
43
44               {
45                   "role"     : "input",
46                   "id"       : "relax_location",
47                   "label"    : "Relaxation Data File",
48                   "type"     : "lrfile",
49                   "required" : "False",
50                   "accept"   : ".txt",
51                   "help"     : "Upload relaxation file"
52                   },   
53             
54                  {
55                   "role"     : "input",
56                   "id"       : "pdb_location",
57                   "label"    : "PDB Coordinates File",
58                   "type"     : "lrfile",
59                   "required" : "true",
60                   "accept"   : ".pdb",
61                   "help"     : "Upload PDB file"
62                   },
63               {   
64                   "role"    : "input",
65                   "id"      : "model",
66                   "label"   : "PDB File Model",
67                   "type"    : "text",
68                   "required" : "True",
69                   "default" : "1"
70               },
71               { 
72                   "role"     : "input", 
73                   "id"       : "runmenu_label",
74                   "label"    : "Run Menu",
75                   "type"     : "label",
76                   "prehline" : "true",
77                   "posthline": "true",
78                   "default"  : ""
79               },
80
81             {
82                  "role"     : "input", 
83                  "id"       : "optimization_method",
84                  "label"    : "Optimization Method",
85                  "type"     : "listbox",
86                  "values"   : "Least Squares~leastsq~Robust Least Squares (3.0sig)~robust",
87                  "repeater" : "yes",
88                  "default"  : "leastsq",
89                  "help"     : "Choose optimization method"
90              },
91            {   
92                "role"    : "input",
93                "id"      : "axeslength",
94                "label"   : "Axes Length(Angstrom)",
95                "type"    : "text",
96                "required" : "True",
97                "default" : "5"
98            }, 
99
100            {
101                "role"    : "input", 
102                "id"      : "stat", 
103                "label"   : "Full Statistics ", 
104                "type"    : "checkbox", 
105                "checked" : "false" 
106            },
107            {   
108                "role"    : "input", 
109                "id"      : "run_dyna", 
110                "label"   : "Run Dynamics ", 
111                "type"    : "checkbox", 
112                "checked" : "false" 
113            }, 
114            #{ 
115                #"role"    : "input",
116                #"id"      : "run_elm",
117                #"label"   : "Run ELM",   
118                #"type"    : "checkbox",
119                #"checked" : "false"
120            #}, 
121 #####################################################################################################
122                 {
123                     "role"    : "output",
124                     "id"      : "progress_output",
125                     "label"   : "Progress: ",
126                     "type"    : "progress",
127                     "max"     : 1.0
128                 },     
129                {
130                   "role"    : "output",
131                   "id"      : "progress_text",
132                   "label"   : "Calculation Report: ",
133                   "type"    : "textarea",
134                   #"append"  : "on",
135                   "cols"    : 40
136                  },
137
138                {
139                   "role"    : "output",
140                   "id"      : "live_log",
141                   "label"   : "Live Log File:  ",
142                   "type"    : "html"
143                }, 
144                   {
145                   "role"  : "output",
146                   "id"    : "outputrotdif",
147                   "label" : "Detailed Results File: ",
148                   "type"  : "file",
149                   "multiple": "true"   
150                  },
151                   {
152                   "role"  : "output",
153                   "id"    : "axi_out",
154                   "label" : "Tensor Axes PyMol File, Axially Symmetric Model: ",
155                   "type"  : "file",
156                   "multiple": "true"
157                  },
158                   {
159                   "role"  : "output",
160                   "id"    : "ani_out",
161                   "label" : "Tensor Axes PyMol File, Fully Anisotropic Model: ",
162                   "type"  : "file",
163                   "multiple": "true"
164                  },                       
165                {
166                   "role" : "output",
167                   "id" : "exp_plot",
168                   "label" : "Experimental Data",
169                   "showcollapse":"False",
170                   "type": "plot3d"
171                  }, 
172                  {
173                   "role" : "output",
174                   "id" : "vec_plot",
175                   "label" : "Bond Orientations Plot",
176                   "showcollapse":"False",
177                   "height": "450px",
178                   "width" : "700px",
179                   "type": "plotly"
180                  },
181                  {
182                   "role" : "output",
183                   "id" : "chi2_plot",
184                   "label" : "Chi-square Plot",
185                   "showcollapse": "False",
186                   "height": "450px",
187                   "width" : "700px",
188                   "type": "plotly"
189                  },
190                  {
191                   "role"  : "output",
192                   "id"    : "plot_2d",
193                   "label" : "2D Model Fit:",
194                   "type"  : "plot2d",
195                   "height": "450px",
196                   "width" : "700px",
197                   "pan"   : "false",
198                   "zoom"  : "false",
199                   "backgroundcolor" : "white",   
200                   "selzoom" : "true",
201                   "changescalex" : "false",     
202                   "changescaley" : "false",   
203                   "savetofile" : "true", 
204                   "rotatedylabel" : "true", 
205                   "customtooltips": "true", 
206                   "showcollapse": "False",
207                   "hover" : "true"   
208                   }
209                ,{
210                   "role"  : "output",
211                   "id"    : "plot_3d",
212                   "label" : "3D Model Fit:",
213                   "showcollapse": "False",
214                   "type"  : "plot3d"
215                },
216                { 
217                   "role"  : "output",
218                   "id"    : "iso_plot",
219                   "label" : "Isotropic Model Fit:",
220                   "showcollapse": "False",
221                   "type"  : "plotly"
222                },
223                {  "role"  : "output",
224                   "id"    : "axi_plot",
225                   "label" : "Axially Symmetric Model Fit:",
226                   "showcollapse": "False",
227                   "type"  : "plotly"
228                },
229                {  "role"  : "output",
230                   "id"    : "ani_plot",
231                   "label" : "Fully Anisotropic Model Fit:",
232                   "showcollapse": "False",
233                   "type"  : "plotly"
234                },
235                {  "role"  : "output",
236                   "id"    : "diso_plot",
237                   "label" : "Dynamics: Isotropic Model Fit:",
238                   "showcollapse" : "False",
239                   "type"  : "plotly"
240                },
241                {  "role"  : "output",
242                   "id"    : "daxi_plot",
243                   "label" : "Dynamics: Axially Symmetric Model Fit:",
244                   "showcollapse" : "False",
245                   "type"  : "plotly"
246                },
247                {  "role"  : "output",
248                   "id"    : "dani_plot",
249                   "label" : "Dynamics: Fully Anisotropic Model Fit:",
250                   "showcollapse" : "False",
251                   "type"  : "plotly"
252                }   
253            ],
254
255# the executable will take inputs in order and produce output
256    "executable" : "main_rotdif.py"
257}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.