source: rotdif/modules/elmdock.json @ 1701

Last change on this file since 1701 was 1701, checked in by yuexi, 2 years ago

revise module prompt

  • Property svn:executable set to *
File size: 6.1 KB
Line 
1        # this is a module file, any module specific info belongs here
2{
3    "moduleid" : "elmdock",
4    "label"    : "Calculate",
5    #"resource" : "oscluster",
6    "submitpolicy" : "login",
7    #"help"     : "help for Bead Modeller",
8    #"center"   : "true",
9    #"centeroutput" : "true",
10    #"notify"    : "alexsav.science@gmail.com",
11    "notify" : "email",
12
13   
14    "fields"   : [
15                  {   
16                   "role"     : "input", 
17                   "id"       : "ELMDOCK_label",
18                   "label"    : "Diffusion Tensor-Guided Docking (ELMDOCK)",
19                   "type"     : "label",
20                   "prehline" : "true",
21                   "posthline": "true",
22                   "default"  : "header4"
23               }, 
24               {
25                    "role"       : "input"
26                    ,"id"         : "run_name"
27                    ,"label"      : "run name"
28                    ,"type"       : "text"
29                    ,"required"   : "true"
30                    ,"help"       : "Enter a name to run this task"
31                },
32################################################################
33               { 
34                   "role"     : "input", 
35                   "id"       : "data_label",
36                   "label"    : "DATA (ONLY available for two-domain complexes)",
37                   "type"     : "label",
38                   "prehline" : "true",
39                   "posthline": "true",
40                   "default"  : ""
41               },
42
43               {
44                   "role"     : "input",
45                   "id"       : "relax_location",
46                   "label"    : "Relaxation Data File",
47                   "type"     : "lrfile",
48                   "required" : "False",
49                   "accept"   : ".txt",
50                   "help"     : "Upload relaxation file"
51                   },   
52             
53                  {
54                   "role"     : "input",
55                   "id"       : "pdb_location",
56                   "label"    : "PDB Coordinates File",
57                   "type"     : "lrfile",
58                   "required" : "true",
59                   "accept"   : ".pdb",
60                   "help"     : "Upload PDB file"
61                   },
62               {   
63                   "role"    : "input",
64                   "id"      : "model",
65                   "label"   : "PDB File model",
66                   "type"    : "text",
67                   "required" : "True",
68                   "default" : "1"
69               },
70               { 
71                   "role"     : "input", 
72                   "id"       : "runmenu_label",
73                   "label"    : "RUN MENU",
74                   "type"     : "label",
75                   "prehline" : "true",
76                   "posthline": "true",
77                   "default"  : ""
78               },
79
80             {
81                  "role"     : "input", 
82                  "id"       : "optimization_method",
83                  "label"    : "Optimization Method",
84                  "type"     : "listbox",
85                  "values"   : "Least Squares~leastsq~Robust Least Squares (3.0sig)~robust",
86                  "repeater" : "yes",
87                  "default"  : "leastsq",
88                  "help"     : "Choose optimization method"
89              },
90            #{ 
91              #  "role"    : "input",
92              #  "id"      : "run_elm",
93              #  "label"   : "Run ELM",   
94              #  "type"    : "checkbox",
95             #   "checked" : "false"
96            #},
97            {
98                "role"    : "input",
99                "id"      : "temperature",
100                "label"   : "Temperature(K)",
101                "type"    : "text",
102                "required" : "True",
103                "default" : "298"
104            },
105             {
106                "role"     : "input",
107                "id"       : "adv_option",
108                "label"    : "check box to enable advanced model",
109                "type"     : "checkbox",
110                "checked"  : "false",
111                "repeater" : "true"
112            },
113            {   
114                "role"    : "input",
115                "id"      : "hydro",
116                "label"   : "Hydration layer thickness(Angstrom)",
117                "type"    : "text",
118                "required" : "True",
119                "default" : "2.2",
120                "repeat" : "adv_option"
121            },
122            {   
123                "role"    : "input",
124                "id"      : "water",
125                "label"   : "Water radius(Angstrom)",
126                "type"    : "text",
127                "required" : "True",
128                "default" : "1.4",
129                "repeat" : "adv_option"
130            }, 
131 #####################################################################################################
132                 {
133                     "role"    : "output",
134                     "id"      : "progress_output",
135                     "label"   : "Progress: ",
136                     "type"    : "progress",
137                     "max"     : 1.0
138                 },     
139                {
140                   "role"    : "output",
141                   "id"      : "progress_text",
142                   "label"   : "Calculation Report: ",
143                   "type"    : "textarea",
144                   #"append"  : "on",
145                   "cols"    : 40
146                  }, 
147                   {
148                   "role"  : "output",
149                   "id"    : "outputrotdif",
150                   "label" : "Detailed Results File: ",
151                   "type"  : "file",
152                   "multiple": "true"   
153                  },
154                  # {   
155                  # "role"  : "output",
156                  # "id"    : "elm_out",
157                  # "label" : "Download ELM prediction ",
158                  # "type"  : "file",
159                  # "multiple": "true"
160                  #}, 
161                   {   
162                   "role"  : "output",
163                   "id"    : "elmdock_out",
164                   "label" : "ELMDOCK Transformations File: ",
165                   "type"  : "file",
166                   "multiple": "true"
167                  },
168                   {   
169                   "role"  : "output",
170                   "id"    : "pdb",
171                   "label" : "ELMDOCK-generated Structures File: ",
172                   "type"  : "file",
173                   "multiple": "true"
174                  },
175                   {
176                   "role": "output",
177                   "id" :"outputpdb",
178                   "label":"Docking View",
179                   "type"  : "atomicstructure",
180                   "height" : "850",
181                   "width" : "850"
182                   }   
183            ],
184
185# the executable will take inputs in order and produce output
186    "executable" : "main_elmdock.py"
187    #,"executable" : "rinit.sh"
188}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.