source: rotdif/modules/elm.json @ 1705

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finish ellipsoid

  • Property svn:executable set to *
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Line 
1# this is a module file, any module specific info belongs here
2{
3    "moduleid" : "elm",
4    "label"    : "Calculate",
5    #"resource" : "oscluster",
6    "submitpolicy" : "login",
7    #"help"     : "help for Bead Modeller",
8    #"center"   : "true",
9    #"centeroutput" : "true",
10    #"notify"    : "alexsav.science@gmail.com",
11    "notify" : "email",
12
13   
14    "fields"   : [
15                {   
16                   "role"     : "input", 
17                   "id"       : "ELM_label",
18                   "label"    : "Diffusion Tensor Prediction (ELM)",
19                   "type"     : "label",
20                   "prehline" : "true",
21                   "posthline": "true",
22                   "default"  : "header4"
23               }, 
24               {
25                    "role"       : "input"
26                    ,"id"         : "run_name"
27                    ,"label"      : "Run Name"
28                    ,"type"       : "text"
29                    ,"required"   : "true"
30                    ,"help"       : "Enter a name for this task"
31                },
32################################################################
33               { 
34                   "role"     : "input", 
35                   "id"       : "data_label",
36                   "label"    : "Data",
37                   "type"     : "label",
38                   "prehline" : "true",
39                   "posthline": "true",
40                   "default"  : ""
41               },
42                  {
43                   "role"     : "input",
44                   "id"       : "pdb_location",
45                   "label"    : "PDB Coordinates File",
46                   "type"     : "lrfile",
47                   "required" : "true",
48                   "accept"   : ".pdb",
49                   "help"     : "Upload PDB file"
50                   },
51               {   
52                   "role"    : "input",
53                   "id"      : "model",
54                   "label"   : "PDB File Model",
55                   "type"    : "text",
56                   "required" : "True",
57                   "default" : "1"
58               },
59               { 
60                   "role"     : "input", 
61                   "id"       : "runmenu_label",
62                   "label"    : "Run Menu",
63                   "type"     : "label",
64                   "prehline" : "true",
65                   "posthline": "true",
66                   "default"  : ""
67               },
68            {
69                "role"    : "input",
70                "id"      : "temperature",
71                "label"   : "Temperature(K)",
72                "type"    : "text",
73                "required" : "True",
74                "default" : "298"
75            },
76            {
77                "role"     : "input",
78                "id"       : "adv_option",
79                "label"    : "Check Box to Enable Advanced Model",
80                "type"     : "checkbox",
81                "checked"  : "false",
82                "repeater" : "true"
83            },
84            {   
85                "role"    : "input",
86                "id"      : "hydro",
87                "label"   : "Hydration Layer Thickness(Angstrom)",
88                "type"    : "text",
89                "required" : "True",
90                "default" : "2.2",
91                "repeat": "adv_option"
92            },
93            {   
94                "role"    : "input",
95                "id"      : "water",
96                "label"   : "Water Radius(Angstrom)",
97                "type"    : "text",
98                "required" : "True",
99                "default" : "1.4",
100                "repeat" : "adv_option"
101            }, 
102 #####################################################################################################
103                 {
104                     "role"    : "output",
105                     "id"      : "progress_output",
106                     "label"   : "Progress: ",
107                     "type"    : "progress",
108                     "max"     : 1.0
109                 },     
110                {
111                   "role"    : "output",
112                   "id"      : "progress_text",
113                   "label"   : "Calculation Report: ",
114                   "type"    : "textarea",
115                   #"append"  : "on",
116                   "cols"    : 40
117                  }, 
118                   {   
119                   "role"  : "output",
120                   "id"    : "elm_out",
121                   "label" : "ELM Prediction Results File: ",
122                   "type"  : "file",
123                   "multiple": "true"
124                  },
125                  {
126                   "role":"output",
127                   "id":"elm_params",
128                   "label":"ELM Prediction Settings File: ",
129                   "type":"file",
130                   "multiple":"true"
131                  },
132                  {
133                  "role":"output",
134                  "id"  :"elm_tensor",
135                  "label":"ELM Tensor Axes PyMol File: ",
136                  "type":"file",
137                  "multiple":"true"
138                  },               
139                  {
140                  "role":"output",
141                  "id" :"elm_ellipsoid",
142                  "label":"ELM Ellipsoid PyMol File: ",
143                  "type":"file",
144                  "multiple":"true"
145}                 
146            ],
147
148# the executable will take inputs in order and produce output
149    "executable" : "main_elm.py"
150}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.