source: bayesapp/modules/ift.json @ 1717

Last change on this file since 1717 was 1717, checked in by ehb, 3 months ago

2 new output fields (Ng, shannon)
added compatible gnuplot source

File size: 13.5 KB
Line 
1{
2    "moduleid" : "ift"
3    ,"label"    : "BayesApp"
4    ,"executable"   : "ift"
5    ,"submitpolicy" : "all"
6#    ,"uniquedir" : "true"
7#    ,"center" : "true"
8    ,"centeroutput" : "true"
9# dependencies:
10# apt-get install libgfortran3 libpng-dev libreadline-dev
11# install and compile gnuplot 4.2.6 with gif support   
12    ,"fields"   : [
13        {
14            "role"       : "input"
15            ,"id"        : "label_0"
16            ,"type"      : "label"
17            ,"colspan"   : 3
18            ,"default"   : "header3"
19            ,"label"     : "BayesApp [<a target=_blank href=https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?pe0063>1,</a><a target=_blank href=https://onlinelibrary.wiley.com/iucr/doi/10.1107/S0021889812014318>2,</a><a target=_blank href=http://journals.iucr.org/j/issues/2014/04/00/he5656>3,</a><a target=_blank href=https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?gk0508>4</a>]"
20# old refs?
21#            ,"label"     : "BayesApp [<a href=http://igm.fys.ku.dk/&#126;steen/jac45_566.pdf>1,</a><a href=http://bayesapp.org/&#126;bayes/upload/ift/ift1.pdf>2,</a><a href=http://bayesapp.org/&#126;bayes/upload/ift/ift2.pdf>3,</a><a href=http://igm.fys.ku.dk/&#126;steen/jac_47_1469.pdf>4</a>]"
22            ,"prehline"  : "true"
23            ,"posthline" : "true"
24        }
25        ,{
26            "role"       : "input"
27            ,"id"         : "datafile"
28            ,"label"      : "Data file"
29# need to force copy over
30#            ,"type"       : "lrfile"
31            ,"type"       : "file"
32            ,"required"   : "true"
33            ,"help"       : "<p>i): Format (q, I(q), error). Data points are rebinned to a maximum of 80 points.</p><p>ii): Text lines in the data file are ignored.</p><p>iii): Maximum dynamic range for I(q) is about 1000 using the web version due to the limited resolution of p(r).</p>"
34        }
35        ,{
36            "role"       : "input"
37            ,"id"         : "qmin"
38            ,"label"      : "Qmin [Angstrom^-1]"
39            ,"type"       : "float"
40            ,"step"       : 0.001
41            ,"help"       : "Optionally enter q min in inverse Angstroms."
42        }
43        ,{
44            "role"       : "input"
45            ,"id"         : "qmax"
46            ,"label"      : "Qmax [Angstrom^-1]"
47            ,"type"       : "float"
48            ,"step"       : 0.001
49            ,"help"       : "Qptionally Enter q max in inverse Angstroms."
50        }
51        ,{
52            "role"       : "input"
53            ,"id"         : "fitbackground"
54            ,"label"      : "Fit background"
55            ,"type"       : "checkbox"
56            ,"help"       : "A constant (flat) background is fitted to the data."
57        }
58        ,{
59            "role"       : "input"
60            ,"id"         : "dmax"
61            ,"label"      : "Maximum diameter [Angstrom]"
62            ,"type"       : "float"
63            ,"min"        : 0
64            ,"help"       : "Optionally enter starting value for the maximum diameter of the scatterer in Angstroms."
65            ,"norow"      : "true"
66        }
67        ,{
68            "role"       : "input"
69            ,"id"         : "dmaxfixed"
70            ,"label"      : "Fix"
71            ,"type"       : "checkbox"
72            ,"help"       : "Fix the defined maximum diameter"
73        }
74        ,{
75            "role"       : "input"
76            ,"id"         : "alpha"
77            ,"label"      : "Starting value for the Lagrange multiplier (Alpha)"
78            ,"type"       : "float"
79            ,"help"       : "<p>Optionally enter the starting value for the logarithm of the Lagrange multiplier (usually between -10 and 20).</p><p>Larger values will give smoother distributions or - for the MaxEnt constraint:</p><p>an estimate which is closer to the prior ellipsoid of revolution.</p>"
80            ,"norow"      : "true"
81        }
82        ,{
83            "role"       : "input"
84            ,"id"         : "alphafixed"
85            ,"label"      : "Fix"
86            ,"type"       : "checkbox"
87            ,"help"       : "Fix the Lagrange multiplier"
88        }
89        ,{
90            "role"       : "input"
91            ,"id"         : "smearing"
92            ,"label"      : "Desmearing constant"
93            ,"type"       : "float"
94            ,"help"       : "<p>Optionally enter a correction for slit smearing. Default is no smearing.</p><p>Enter value for constant c as given by the expression</p><p>I_smear(q) = integrate P(t)*I(sqrt(q**2 + t**2)) dt with the</p><p>primary beam length profile: P(t) = c/sqrt(pi) * exp(-c**2*t**2).</p><p>The fit and the deconvolution are both given in the ouput file fit.d</p>"
95        }
96        ,{
97            "role"       : "input"
98            ,"id"         : "prpoints"
99            ,"label"      : "Number of points in p(r)"
100            ,"type"       : "integer"
101            ,"min"        : 10
102            ,"default"    : 50
103            ,"max"        : 100
104            ,"help"       : "<p>Optionally enter the number of points in the estimated function p(r): more points increase the cpu-time.</p><p>Default: 50, Maximum 100</p>"
105        }
106        ,{
107            "role"       : "input"
108            ,"id"         : "smallplot"
109            ,"label"      : "Small plot"
110            ,"type"       : "checkbox"
111            ,"help"       : "Check to produce small versions of the plots"
112        }
113        ,{
114            "role"       : "input"
115            ,"id"         : "noextracalc"
116            ,"label"      : "Number of extra error calculations"
117            ,"type"       : "integer"
118            ,"min"        : 10
119            ,"max"        : 1000
120            ,"help"       : "<p>Optionally Input number of extra error calculations (max 1000).</p><p>Entering a large number will improve the error estimate,</p><p>but require more cpu time.</p><p>In some cases it may be a little tricky to obtain a decent</p><p>error estimate. Try testing a couple of values to see the effect. </p>"
121        }
122        ,{
123            "role"       : "input"
124            ,"id"         : "transform"
125            ,"label"      : "Transformation/Regularization"
126            ,"type"       : "listbox"
127            ,"values"     : "Debye (default -> returning p(r) with positivity constraint)~D~Negative (Debye transformation -> returning p(r) without positivity constraint)~N~MaxEnt using an ellipsoid of revolution as prior ( -> p(r) -positivity constraint)~M~Bessel (for cylindrical scatterers -> cross section distribution)~B~Cosine (lamellae -> thickness distribution)~C~Size (using spheres only -> size distribution)~S"
128            ,"help"       : "<p>[D]ebye (default -> returning p(r) with positivity constraint)                                        sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>[N]egative (Debye transformation -> returning p(r) without positivity constraint)       sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>[M]axEnt using an ellipsoid of revolution as prior ( -> p(r) -positivity constraint)       sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>     The axial ratio for the ellipsoid is optimized using the posterior probability.</p><p>     The axial ratio may be initialized or fixed using the box <i>Estimate axial ratio</i></p><p>     (leave the box <i>Fit axial ratio</i> empty).</p><p>[B]essel (for cylindrical scatterers -> cross section distribution)        J_0(q*r)/q * dr</p><p>[C]osine (lamellae -> thickness distribution)                                    cos(q*r)/q**2 * dr</p><p>[S]ize (using spheres only -> size distribution)        (3*sin(q*r)-q*r*cos(q*r))/(q*r)**3)**2 * dr </p>"
129        }
130        ,{
131            "role"       : "input"
132            ,"id"         : "nondilute"
133            ,"label"      : "Non-dilute solution"
134            ,"type"       : "checkbox"
135            ,"repeater"   : "true"
136            ,"help"       : "Check for non-dilute solutions"
137        }
138        ,{
139            "role"       : "input"
140            ,"id"         : "eta"
141            ,"label"      : "Estimate value for volume fraction"
142            ,"type"       : "float"
143            ,"min"        : 0
144            ,"repeat"     : "nondilute"
145            ,"help"       : "<p>The exact value entered here may influence the result when the information content of the data is low.</p><p>Start with a small number e.g. 0.01 to avoid numerical instabilities and long cpu times.</p>"
146        }
147        ,{
148            "role"       : "input"
149            ,"id"         : "fitratio"
150            ,"label"      : "Fit axial ratio method"
151            ,"type"       : "listbox"
152            ,"repeat"     : "nondilute"
153            ,"values"     : "No concentration effects~noconceffects~Moment~moment~No~no~Evidence~evidence"
154            ,"help"       : "Optionally enter the method" 
155        }
156        ,{
157            "role"       : "input"
158            ,"id"         : "estimateratio"
159            ,"label"      : "Estimate the axial ratio"
160            ,"type"       : "float"
161            ,"repeat"     : "nondilute"
162            ,"help"       : "Optionally enter an estimate of the axial ratio"
163            ,"norow"      : "true"
164        }
165        ,{
166            "role"       : "input"
167            ,"id"         : "estimateratiofixed"
168            ,"label"      : "Fix"
169            ,"type"       : "checkbox"
170            ,"repeat"     : "nondilute"
171            ,"help"       : "Fix the estimated axial ratio"
172        }
173        ,{
174            "role"       : "output"
175            ,"id"         : "hroutput"
176            ,"label"      : "<hr>"
177            ,"type"       : "label"
178            ,"colspan"    : 2
179        }
180        ,{
181            "role"       : "output"
182            ,"id"         : "pr"
183            ,"label"      : "P(r)"
184            ,"type"       : "file"
185            ,"help"       : "The produced P(r) file"
186        }
187        ,{
188            "role"       : "output"
189            ,"id"         : "fitofdata"
190            ,"label"      : "Fit of data"
191            ,"type"       : "file"
192            ,"help"       : "The fit of the data"
193        }
194        ,{
195            "role"       : "output"
196            ,"id"         : "dataused"
197            ,"label"      : "Data used"
198            ,"type"       : "file"
199            ,"help"       : "The data used"
200        }
201#        ,{
202#            "role"       : "output"
203#            ,"id"         : "rgi0dmax"
204#            ,"label"      : "Rg, I(0) and Dmax"
205#            ,"type"       : "file"
206#            ,"help"       : "The Rg, I(0) and Dmax in a file"
207#        }
208        ,{
209            "role"       : "output"
210            ,"id"         : "parameters"
211            ,"label"      : "Parameters"
212            ,"type"       : "file"
213            ,"help"       : "The parameters file"
214        }
215        ,{
216            "role"       : "output"
217            ,"id"         : "zip"
218            ,"label"      : "Results zipped"
219            ,"type"       : "file"
220            ,"help"       : "Results packaged in a zip file"
221        }
222        ,{
223            "role"       : "output"
224            ,"id"         : "tgz"
225            ,"label"      : "Results tar gzipped"
226            ,"type"       : "file"
227            ,"help"       : "Results packaged as a gzipped tar file"
228        }
229        ,{
230            "role"       : "output"
231            ,"id"         : "hroutput2"
232            ,"label"      : "<hr>"
233            ,"type"       : "label"
234            ,"colspan"    : 2
235        }
236        ,{
237            "role"       : "output"
238            ,"id"         : "Rg"
239            ,"label"      : "Rg [Angstrom]"
240            ,"type"       : "text"
241        }
242        ,{
243            "role"       : "output"
244            ,"id"         : "axratio"
245            ,"label"      : "Axial ratio"
246            ,"type"       : "text"
247        }
248        ,{
249            "role"       : "output"
250            ,"id"         : "minusK"
251            ,"label"      : "-K"
252            ,"type"       : "text"
253        }
254        ,{
255            "role"       : "output"
256            ,"id"         : "chi2"
257            ,"label"      : "chi^2"
258            ,"type"       : "text"
259        }
260        ,{
261            "role"       : "output"
262            ,"id"         : "logalpha"
263            ,"label"      : "log(alpha)"
264            ,"type"       : "text"
265        }
266        ,{
267            "role"       : "output"
268            ,"id"         : "etaout"
269            ,"label"      : "Eta"
270            ,"type"       : "text"
271        }
272        ,{
273            "role"       : "output"
274            ,"id"         : "dmaxout"
275            ,"label"      : "Dmax"
276            ,"type"       : "text"
277        }
278        ,{
279            "role"       : "output"
280            ,"id"         : "I0"
281            ,"label"      : "I(0) estimated"
282            ,"type"       : "text"
283        }
284        ,{
285            "role"       : "output"
286            ,"id"         : "Ng"
287            ,"label"      : "Ng"
288            ,"type"       : "text"
289            ,"help"       : "Number of good parameters"
290        }
291        ,{
292            "role"       : "output"
293            ,"id"         : "shannon"
294            ,"label"      : "Number of Shannon channels"
295            ,"type"       : "text"
296        }
297        ,{
298            "role"       : "output"
299            ,"id"         : "evidence"
300            ,"label"      : "Evidence at maximum"
301            ,"type"       : "text"
302        }
303        ,{
304            "role"       : "output"
305            ,"id"         : "hroutput3"
306            ,"label"      : "<hr>"
307            ,"type"       : "label"
308            ,"colspan"    : 2
309        }
310        ,{
311            "role"       : "output"
312            ,"id"         : "prfig"
313            ,"label"      : ""
314            ,"type"       : "image"
315            ,"width"      : "80%"
316        }
317        ,{
318            "role"       : "output"
319            ,"id"         : "iqfig"
320            ,"label"      : ""
321            ,"type"       : "image"
322            ,"width"      : "80%"
323        }
324    ]
325}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.