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9    ,"fields"   : [
10        {
11            "role"       : "input"
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13            ,"type"      : "label"
14            ,"colspan"   : 3
15            ,"default"   : "header3"
16            ,"label"     : "BayesApp [<a target=_blank href=https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?pe0063>1,</a><a target=_blank href=https://onlinelibrary.wiley.com/iucr/doi/10.1107/S0021889812014318>2,</a><a target=_blank href=http://journals.iucr.org/j/issues/2014/04/00/he5656>3,</a><a target=_blank href=https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?gk0508>4</a>]"
17# old refs?
18#            ,"label"     : "BayesApp [<a href=http://igm.fys.ku.dk/&#126;steen/jac45_566.pdf>1,</a><a href=http://bayesapp.org/&#126;bayes/upload/ift/ift1.pdf>2,</a><a href=http://bayesapp.org/&#126;bayes/upload/ift/ift2.pdf>3,</a><a href=http://igm.fys.ku.dk/&#126;steen/jac_47_1469.pdf>4</a>]"
19            ,"prehline"  : "true"
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24            ,"id"         : "datafile"
25            ,"label"      : "Data file"
26# need to force copy over
27#            ,"type"       : "lrfile"
28            ,"type"       : "file"
29            ,"required"   : "true"
30            ,"help"       : "<p>i): Format (q, I(q), error). Data points are rebinned to a maximum of 80 points.</p><p>ii): Text lines in the data file are ignored.</p><p>iii): Maximum dynamic range for I(q) is about 1000 using the web version due to the limited resolution of p(r).</p>"
31        }
32        ,{
33            "role"       : "input"
34            ,"id"         : "qmin"
35            ,"label"      : "Qmin [Angstrom^-1]"
36            ,"type"       : "float"
37            ,"step"       : 0.001
38            ,"help"       : "Optionally enter q min in inverse Angstroms."
39        }
40        ,{
41            "role"       : "input"
42            ,"id"         : "qmax"
43            ,"label"      : "Qmax [Angstrom^-1]"
44            ,"type"       : "float"
45            ,"step"       : 0.001
46            ,"help"       : "Qptionally Enter q max in inverse Angstroms."
47        }
48        ,{
49            "role"       : "input"
50            ,"id"         : "fitbackground"
51            ,"label"      : "Fit background"
52            ,"type"       : "checkbox"
53            ,"help"       : "A constant (flat) background is fitted to the data."
54        }
55        ,{
56            "role"       : "input"
57            ,"id"         : "dmax"
58            ,"label"      : "Maximum diameter [Angstrom]"
59            ,"type"       : "float"
60            ,"min"        : 0
61            ,"help"       : "Optionally enter starting value for the maximum diameter of the scatterer in Angstroms."
62            ,"norow"      : "true"
63        }
64        ,{
65            "role"       : "input"
66            ,"id"         : "dmaxfixed"
67            ,"label"      : "Fix"
68            ,"type"       : "checkbox"
69            ,"help"       : "Fix the defined maximum diameter"
70        }
71        ,{
72            "role"       : "input"
73            ,"id"         : "alpha"
74            ,"label"      : "Starting value for the Lagrange multiplier (Alpha)"
75            ,"type"       : "float"
76            ,"help"       : "<p>Optionally enter the starting value for the logarithm of the Lagrange multiplier (usually between -10 and 20).</p><p>Larger values will give smoother distributions or - for the MaxEnt constraint:</p><p>an estimate which is closer to the prior ellipsoid of revolution.</p>"
77            ,"norow"      : "true"
78        }
79        ,{
80            "role"       : "input"
81            ,"id"         : "alphafixed"
82            ,"label"      : "Fix"
83            ,"type"       : "checkbox"
84            ,"help"       : "Fix the Lagrange multiplier"
85        }
86        ,{
87            "role"       : "input"
88            ,"id"         : "smearing"
89            ,"label"      : "Desmearing constant"
90            ,"type"       : "float"
91            ,"help"       : "<p>Optionally enter a correction for slit smearing. Default is no smearing.</p><p>Enter value for constant c as given by the expression</p><p>I_smear(q) = integrate P(t)*I(sqrt(q**2 + t**2)) dt with the</p><p>primary beam length profile: P(t) = c/sqrt(pi) * exp(-c**2*t**2).</p><p>The fit and the deconvolution are both given in the ouput file fit.d</p>"
92        }
93        ,{
94            "role"       : "input"
95            ,"id"         : "prpoints"
96            ,"label"      : "Number of points in p(r)"
97            ,"type"       : "integer"
98            ,"min"        : 10
99            ,"default"    : 50
100            ,"max"        : 100
101            ,"help"       : "<p>Optionally enter the number of points in the estimated function p(r): more points increase the cpu-time.</p><p>Default: 50, Maximum 100</p>"
102        }
103        ,{
104            "role"       : "input"
105            ,"id"         : "smallplot"
106            ,"label"      : "Small plot"
107            ,"type"       : "checkbox"
108            ,"help"       : "Check to produce small versions of the plots"
109        }
110        ,{
111            "role"       : "input"
112            ,"id"         : "noextracalc"
113            ,"label"      : "Number of extra error calculations"
114            ,"type"       : "integer"
115            ,"min"        : 10
116            ,"max"        : 1000
117            ,"help"       : "<p>Optionally Input number of extra error calculations (max 1000).</p><p>Entering a large number will improve the error estimate,</p><p>but require more cpu time.</p><p>In some cases it may be a little tricky to obtain a decent</p><p>error estimate. Try testing a couple of values to see the effect. </p>"
118        }
119        ,{
120            "role"       : "input"
121            ,"id"         : "transform"
122            ,"label"      : "Transformation/Regularization"
123            ,"type"       : "listbox"
124            ,"values"     : "Debye (default -> returning p(r) with positivity constraint)~D~Negative (Debye transformation -> returning p(r) without positivity constraint)~N~MaxEnt using an ellipsoid of revolution as prior ( -> p(r) -positivity constraint)~M~Bessel (for cylindrical scatterers -> cross section distribution)~B~Cosine (lamellae -> thickness distribution)~C~Size (using spheres only -> size distribution)~S"
125            ,"help"       : "<p>[D]ebye (default -> returning p(r) with positivity constraint)                                        sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>[N]egative (Debye transformation -> returning p(r) without positivity constraint)       sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>[M]axEnt using an ellipsoid of revolution as prior ( -> p(r) -positivity constraint)       sin(q*r)/(q*r) * dr</p><p>     The axial ratio for the ellipsoid is optimized using the posterior probability.</p><p>     The axial ratio may be initialized or fixed using the box <i>Estimate axial ratio</i></p><p>     (leave the box <i>Fit axial ratio</i> empty).</p><p>[B]essel (for cylindrical scatterers -> cross section distribution)        J_0(q*r)/q * dr</p><p>[C]osine (lamellae -> thickness distribution)                                    cos(q*r)/q**2 * dr</p><p>[S]ize (using spheres only -> size distribution)        (3*sin(q*r)-q*r*cos(q*r))/(q*r)**3)**2 * dr </p>"
126        }
127        ,{
128            "role"       : "input"
129            ,"id"         : "nondilute"
130            ,"label"      : "Non-dilute solution"
131            ,"type"       : "checkbox"
132            ,"repeater"   : "true"
133            ,"help"       : "Check for non-dilute solutions"
134        }
135        ,{
136            "role"       : "input"
137            ,"id"         : "eta"
138            ,"label"      : "Estimate value for volume fraction"
139            ,"type"       : "float"
140            ,"min"        : 0
141            ,"repeat"     : "nondilute"
142            ,"help"       : "<p>The exact value entered here may influence the result when the information content of the data is low.</p><p>Start with a small number e.g. 0.01 to avoid numerical instabilities and long cpu times.</p>"
143        }
144        ,{
145            "role"       : "input"
146            ,"id"         : "fitratio"
147            ,"label"      : "Fit axial ratio method"
148            ,"type"       : "listbox"
149            ,"repeat"     : "nondilute"
150            ,"values"     : "No concentration effects~noconceffects~Moment~moment~No~no~Evidence~evidence"
151            ,"help"       : "Optionally enter the method" 
152        }
153        ,{
154            "role"       : "input"
155            ,"id"         : "estimateratio"
156            ,"label"      : "Estimate the axial ratio"
157            ,"type"       : "float"
158            ,"repeat"     : "nondilute"
159            ,"help"       : "Optionally enter an estimate of the axial ratio"
160            ,"norow"      : "true"
161        }
162        ,{
163            "role"       : "input"
164            ,"id"         : "estimateratiofixed"
165            ,"label"      : "Fix"
166            ,"type"       : "checkbox"
167            ,"repeat"     : "nondilute"
168            ,"help"       : "Fix the estimated axial ratio"
169        }
170        ,{
171            "role"       : "output"
172            ,"id"         : "hroutput"
173            ,"label"      : "<hr>"
174            ,"type"       : "label"
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176        }
177        ,{
178            "role"       : "output"
179            ,"id"         : "pr"
180            ,"label"      : "P(r)"
181            ,"type"       : "file"
182            ,"help"       : "The produced P(r) file"
183        }
184        ,{
185            "role"       : "output"
186            ,"id"         : "fitofdata"
187            ,"label"      : "Fit of data"
188            ,"type"       : "file"
189            ,"help"       : "The fit of the data"
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191        ,{
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194            ,"label"      : "Data used"
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197        }
198#        ,{
199#            "role"       : "output"
200#            ,"id"         : "rgi0dmax"
201#            ,"label"      : "Rg, I(0) and Dmax"
202#            ,"type"       : "file"
203#            ,"help"       : "The Rg, I(0) and Dmax in a file"
204#        }
205        ,{
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207            ,"id"         : "parameters"
208            ,"label"      : "Parameters"
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210            ,"help"       : "The parameters file"
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212        ,{
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214            ,"id"         : "zip"
215            ,"label"      : "Results zipped"
216            ,"type"       : "file"
217            ,"help"       : "Results packaged in a zip file"
218        }
219        ,{
220            "role"       : "output"
221            ,"id"         : "tgz"
222            ,"label"      : "Results tar gzipped"
223            ,"type"       : "file"
224            ,"help"       : "Results packaged as a gzipped tar file"
225        }
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232        }
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234            "role"       : "output"
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240            "role"       : "output"
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242            ,"label"      : "Axial ratio"
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248            ,"label"      : "-K"
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251        ,{
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258            "role"       : "output"
259            ,"id"         : "logalpha"
260            ,"label"      : "log(alpha)"
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266            ,"label"      : "Eta"
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269        ,{
270            "role"       : "output"
271            ,"id"         : "dmaxout"
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275        ,{
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278            ,"label"      : "I(0)"
279            ,"type"       : "text"
280        }
281        ,{
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283            ,"id"         : "evidence"
284            ,"label"      : "Evidence"
285            ,"type"       : "text"
286        }
287        ,{
288            "role"       : "output"
289            ,"id"         : "hroutput3"
290            ,"label"      : "<hr>"
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292            ,"colspan"    : 2
293        }
294        ,{
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296            ,"id"         : "prfig"
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309}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.